parfor多核处理matlab

Question

我有一个函数文件，它模拟1000个时间步的矩阵A(大小为100*100)，并将最终结果生成为A_t1000 (大小为100*100的矩阵)。

例如，如果A= 100*100 at t0，则A_t1= 100*100；A_t2=100*100；……。。A_t1000=100*100矩阵。每一个都有不同的值，所以我可以有从A_t1到A_t1000的多个A切片。

我的脚本文件将这个过程迭代100次。脚本文件调用此函数并生成最终输出矩阵B_t1000 = A_t1000 * 100。B_t1000是包含100个A的最终输出矩阵。B_t1000维度为100*100*100。函数文件的起始输入参数在脚本文件的开头提供。

我正在尝试使用‘parfor’来运行这段代码。目标是在单独的核心中独立运行每个迭代，然后在结束时收集它们以生成B。当前代码如下所示

iter=100; 
p=0.8;N=1200;
maxgen=1000;
d=0.01; 
evalues=(d/2):d:(1-d/2); 
cvalues=(d/2):d:(1-d/2); %% p, N are starting parameters 
[C,E]=meshgrid(cvalues,evalues); %% Starting 10,000 combinations 

B_t1000 = []; %% initializing B_t1000
B_t200= []; %% initializing B_t200

parfor k=1:iter  

A_t1000= zeros(length(evalues),length(cvalues)); %%initializing A_t1000
A_t200 = zeros(length(evalues),length(cvalues)); %%initializing A_t200
for i=1:length(evalues)
for j=1:length(cvalues)
    e=evalues(i); % starting point input for e for function file
    c=cvalues(j); % starting point input for c for function file
   [A_t1000, A_t200] = function (e,c,p,N,maxgen); %% calling a function to generate A_t1000 and A_t200           
end
end

B_t1000 (1:length(evalues),1:length(cvalues),k) = A_t1000;
B_t200  (1:length(evalues),1:length(cvalues),k) = A_t1000;
end

我收到一条错误消息--“无法对parfor中的变量B_t1000进行分类”。我猜这与独立性和索引问题有关。

有人能帮我用parfor运行这段代码吗？

'Ne‘和'maxgen’参数越大，只使用'for‘循环运行代码的时间就越长。目前较大的参数在不使用parfor的情况下运行时间超过30小时。我希望使用parfor显著减少这一时间。

有什么建议吗？谢谢!

Answer 1

将结果的数据类型更改为单元格数组。

要初始化使用：

B_t1000 = cell(1,iter); %% initializing B_t1000
B_t200= cell(1,iter); %% initializing B_t200

然后在parfor循环中

B_t1000{k} = A_t1000;
B_t200{k} = A_t1000;

如果您确实需要将结果转换为3D矩阵，则在parfor之后对其进行转换。

Answer 2

代码中的B_t1000和B_t200是循环中的切片变量。您代码的问题是，parfor的循环变量(在本例中为k)只能用作一级索引，而您将其用作第三级索引。

请参阅MATLAB官方文档：http://nl.mathworks.com/help/distcomp/sliced-variables.html

快速修复代码，将初始化代码更改为：

B_t1000 = zeros(iter,length(evalues),length(cvalues)); %% initializing B_t1000
B_t200= zeros(iter,length(evalues),length(cvalues)); %% initializing B_t200

并将parfor循环中的赋值更改为：

B_t1000 (k,:,:) = A_t1000;
B_t200  (k,:,:) = A_t1000;

现在使用parfor循环变量k作为B_t1000和B_t200的一级索引。您还可以将B_t1000和B_t200定义为单元格阵列。有时它会让事情变得更容易理解。