R gplots:带有侧色的热图

Question

我想使用gplots包中的heatmap.2函数创建一个热图。这是一个最小的例子。

require(gplots)

# create symmetric matrix
x = matrix(rnorm(100), nrow=10)
diag(x)         <- 1
x[upper.tri(x)] <-  t(x)[upper.tri(x)]
colnames(x)     <- rownames(x) <- letters[1:nrow(x)]

# create side colours
varcols = setNames(rainbow(nrow(x)), rownames(x))

# create heatmap
heatmap.2(x,
          symm = TRUE,             
          trace = "none",          
          revC=TRUE, # <-- THIS IS THE PROBLEM
          ColSideColors = varcols,
          RowSideColors = varcols
          )  

问题在于侧色。x是对称矩阵，因此列和行应该具有相同的边色。只要使用revC = FALSE就可以了。然而，当我使用revC = TRUE时，颜色的顺序是混乱的。有时-在小示例中-它有助于反转ColSideColors，但这并不总是有效的。

是我做错了什么呢，还是这是一个gplots错误？

Answer 1

对于任何遇到这个问题的人来说，这是我解决它的方法：

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thing = heatmap.2(my_matrix,...RowSideColors=row_cols, revC=F)
ordinary_order = thing$rowInd
reversal = cbind(ordinary_order, rev(ordinary_order))
rev_col = row_cols[reversal[,2]]; rev_col = rev_col[order(reversal[,1])];

heatmap.2(my_matrix, RowSideColors=rev_col, revC=T)

​