matlab中的分水岭算法

Question

有人知道如何在matlab中编写一个函数来分割单元并使用watershed algorithm计算平均单元面积吗？任何帮助都将不胜感激。谢谢!

这是酵母细胞的图像

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Answer 1

这里有一种使用分水岭分割图像的方法。你还可以做更多的事情(例如，如果两个核的细胞还没有完成胞质分裂，就将它们融合在一起)，但下面的步骤应该会给你一个初步的想法。

(1)细胞背景阈值、细胞核阈值的确定

%# read image
img = imread('http://i.stack.imgur.com/nFDkX.png');
%# normalize to 0...1
imgN = double(img-min(img(:)))/(max(img(:)-min(img(:))));
th1=graythresh(imgN);
th2 = graythresh(imgN(imgN>th1));

cellMsk = imgN>th1;
nucMsk = imgN>th2;

figure,imshow(cellMsk+nucMsk,[])

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(2)平滑原始图像(以避免过度分割)，并将核作为最小值

[xx,yy]=ndgrid(-5:5,-5:5);
gf = exp((-xx.^2-yy.^2)/20);
filtImg = conv2(imgN,gf,'same');

figure,imshow(filtImg,[])

filtImgM = imimposemin(-filtImg,nucMsk);

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(3)分水岭、遮罩单元和显示

ws = watershed(filtImgM);
ws(~cellMsk) = 0;

lblImg = bwlabel(ws);

figure,imshow(label2rgb(lblImg,'jet','k','shuffle'));

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(4)现在您可以在已标记的图像上使用REGIONPROPS来提取所需的统计信息。

Answer 2

请参阅图像处理工具箱中的watershed和“Steve on Image Processing”博客上的关于细胞分割的this post。