在R中更新包：`update.packages`与`install.packages`

Question

我尝试加载party库，但得到以下错误：

 Loading required package: zoo
 Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
   namespace ‘lattice’ 0.20-24 is already loaded, but >= 0.20.27 is required
 Error: package ‘zoo’ could not be loaded

因此，我决定更新同一会话(detach all packages while working in R)中的所有包，包括lattice，希望zoo和party在lattice更新后能够正确加载：

 pkgs <- names( sessionInfo()$otherPkgs )
 pkgs <- paste('package:', pkgs, sep = "")
 lapply( pkgs , detach, character.only = TRUE, unload = TRUE)
 update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE,
                 repos="http://r-forge.r-project.org",
                 oldPkgs=c("lattice","zoo","party")
 )

它不工作(在相同的会话中，并且在没有预加载.RData的情况下重新启动后)：

 > library(party)
 Loading required package: zoo
  Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
   namespace ‘lattice’ 0.20-24 is already loaded, but >= 0.20.27 is required
   Error: package ‘zoo’ could not be loaded

根据How to update R2jags in R?的说法，最好的方法是在我想要更新的包上运行install.packages，然后重新启动。它确实做到了这一点。

所以这里有一个问题:考虑到正在运行的会话内的更新至少可以说是脆弱的，什么时候调用update.packages，而install.package将以重启会话为代价来完成这项工作？我遗漏了什么R包管理巫术？谢谢。

Answer 1

这就是为什么我更喜欢在我当前工作的R会话之外启动“安装”和“更新”操作的另一个原因。

通过使用命令行，我可以在没有加载包的情况下获得新的R会话，并且不会出现您在这里遇到的问题。作为一种快捷方式，我使用littler (包含在该包的examples/目录中)定义脚本update.r和install.r，当然，您也可以通过Rscript执行相同的操作。

Answer 2

Dirk提供了一个更一般的策略来避免这个问题。然而，如果你在一个交互会话中，你不想重新启动，并且你想卸载一个需要更新的包( detach(.)-ing或update.packages(.)-ing都不能有效地完成)，那么有一个函数unloadNamespace通常对我来说是有效的。在它的帮助页面上有警告，说它不是完全安全的，但我没有遇到困难。尝试：

unloadNamespace("lattice")   # or lapply()-ing as you attempted with `detach`
update.packages("lattice")
require(lattice)  # or library()