如何在R中创建类似箱图的分类散点图？

Question

有谁知道如何在R中创建散点图，以便在PRISM的graphpad中创建类似于these的图：

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我尝试使用箱形图，但它们不能以我想要的方式显示数据。这些由graphpad生成的柱状散点图为我更好地显示了数据。

如有任何建议，我们将不胜感激。

Answer 1

正如@smillig提到的，你可以使用ggplot2来实现这一点。下面的代码重现了你非常好的警告之后的情节，这是相当棘手的。首先加载ggplot2包并生成一些数据：

library(ggplot2)
dd = data.frame(values=runif(21), type = c("Control", "Treated", "Treated + A"))

接下来，更改默认主题：

theme_set(theme_bw())

现在我们来构建这个图。

1. 构造一个基本对象-不绘制任何内容：

G= ggplot(dd，aes(type，values))

• 添加点:调整默认抖动并根据类型更改字形：

G=g+ geom_jitter(aes(pch=type)，position=position_jitter(width=0.1))

• Add on the " box "：计算盒的结束位置。在本例中，我选择了平均值。如果你不想要这个盒子，只需省略这一步。

G=g+fun.y=函数(I) colour="black")

• Add (I)stat_summary(I)，geom=“fill=”，fill=“fill=”，Fun.y在某些误差条上:计算上下界并调整条宽：

G=g+ stat_summary( fun.ymax=function(i) mean(i) + qt(0.975，length(i))*sd(i)/length(i)，fun.ymin=function(i) mean(i) - qt(0.975，length(i)) *sd(i)/length(i)，geom="errorbar"，作图

g

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1. 在上面的R代码中，我使用stat_summary动态计算所需的值。您还可以创建单独的数据框，并使用基数R的geom_errorbar和geom_bar.
2. To，请看我对此question.

的回答

Answer 2

如果您不介意使用ggplot2包，有一种简单的方法可以用geom_boxplot和geom_jitter制作类似的图形。使用mtcars示例数据：

library(ggplot2)
p <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg)) 
p + geom_boxplot() + geom_jitter() + theme_bw()

这将生成以下图形：

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文档可在此处查看：http://had.co.nz/ggplot2/geom_boxplot.html

Answer 3

我最近遇到了同样的问题，并找到了自己的解决方案，使用ggplot2。作为示例，我创建了chickwts数据集的一个子集。

library(ggplot2)
library(dplyr)
data(chickwts)
Dataset <- chickwts %>%
            filter(feed == "sunflower" | feed == "soybean")

由于在geom_dotplot()中无法将点改为符号，因此我按如下方式使用了geom_jitter()：

Dataset %>%
    ggplot(aes(feed, weight, fill = feed)) +
    geom_jitter(aes(shape = feed, col = feed), size = 2.5, width = 0.1)+
    stat_summary(fun = mean, geom = "crossbar", width = 0.7,
             col = c("#9E0142","#3288BD")) +
    scale_fill_manual(values = c("#9E0142","#3288BD")) +
    scale_colour_manual(values = c("#9E0142","#3288BD")) +
    theme_bw()

这是最终的图：

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更多细节，你可以看看这篇文章：

http://withheadintheclouds1.blogspot.com/2021/04/building-dot-plot-in-r-similar-to-those.html?m=1