R- gplots -消除热图中的空格。2当key=FALSE

Question

我有：

library(gplots);
x<-matrix(seq(1:100),nrow=10,byrow=TRUE);
heatmap.2(x, Rowv=NA, Colv=NA, scale="none", main="This title will be cut off by the white space where the non-existant key is supposed to go.", col=gray((255:0)/255), dendrogram="none",trace="none", key=FALSE);

当键被指定为FALSE时，在绘图的左侧有一块空白区域，它阻止显示完整的标题，与手动指定的较小页边距冲突，并将热图向右移动。空白的宽度是可以使用"keysize=#"控制的，但是将其设置得太小(介于0.8和1.0之间)会产生错误："Error in plot.new() : figure margins too large"

我会尝试用heatmap()而不是heatmap.2()来做这件事，但是heatmap在par()上不能很好地工作，这是我在项目中需要的。如果任何人有任何建议，我将不胜感激。

Answer 1

可以使用布局参数来定位heatmap.2图的元素。

layout(mat = lmat, widths = lwid, heights = lhei)

使用下面的代码，我得到了一个可以接受的热图。

heatmap.2(x, 
    Rowv=NA, 
    Colv=NA, 
    scale="none", 
    main="This title will be cut off by the white space where the non-existant key is supposed to go.", 
    col=gray((255:0)/255), 
    dendrogram="none",
    trace="none", 
    key=FALSE, 
    lmat=rbind(c(2),c(3),c(1),c(4)), 
    lhei=c(1,1,9,0), 
    lwid=c(1)
    );

有关更多详细信息，请参阅?layout或this answer on Stack Exchange。