在Markdown中运行Python代码

Question

在Markdown文档中有很多关于使用Python代码的信息。但这一切似乎都是为了演示Python代码片段，而不是创建美观的文档。

我不能像R和Markdown那样在单个文档中组合Python和Markdown吗？

MWE：

Output some text from Python in **Markdown**:
```python

从sklearn.datasets导入load_iris

从sklearn导入树

iris = load_iris()

clf = tree.DecisionTreeClassifier()

clf = clf.fit(iris.data，iris.target)

打印(clf.predict_proba(iris.data:1，:))

编译：markdown_py markdown.txt

<p>Output some text from Python in <strong>Markdown</strong>:
<code>python
from sklearn.datasets import load_iris
from sklearn import tree
iris = load_iris()
clf = tree.DecisionTreeClassifier()
clf = clf.fit(iris.data, iris.target)
clf.predict_proba(iris.data[:1, :])</code></p>

它显示代码(很酷)，但并不实际运行它。

你不能在Markdown中运行Python代码吗？如果没有，还有其他选择吗？

(使用来自Ubuntu的python-markdown包。)

Answer 1

好吧，我找到了一个解决方案：

使用块作为：

<<engine='python', engine.path='python3'>>=
# python code
@

默认情况下，

• engine.path使用python可执行文件，该文件在大多数Linux系统中仍然是python2。如果你想要Python2，你可以省略它。如果你想省略代码打印输出，
• 不要忘记传递echo=FALSE，还有results='asis'，这样它就不会试图转义输出。

您可以在请求文档时使用以下块来设置默认值：

<<r setup, include=FALSE>>=
knitr::opts_chunk$set(echo=FALSE, engine='whathaveyou', ...)
@

将文件另存为markdown.Rmd，并使用R和compile对其进行编译。它将使用python运行Python代码。

R命令：rmarkdown::render('markdown.Rmd','output.html')

或者直接使用RStudio。

附录：一个本机解决方案显然是Pweave：它可以与latex和markdown一起工作。不过，我还没有试过。

Answer 2

截至2018年，CRAN-package reticulate提供了更好的解决方案。

“Python”模块、类和函数的接口。当调用“Python”时，R数据类型会自动转换为其等效的“Python”类型。当值从'Python‘返回到R时，它们被转换回R类型。兼容所有版本的'Python‘>= 2.7。

Answer 3

Zen knit是Python的RMarkdown的替代品。报告示例位于https://github.com/Zen-Reportz/zen_knit/tree/main/doc/example

它支持直接从python或类似于.Rmd .pyz文件创建报告。

当前功能

• Python 3.7+ compatibility

• 支持IPython魔术和丰富的输出。

• 在块中执行python代码，并将输入和输出捕获到报告中。

• 使用隐藏代码块，即在输出文件中执行但不打印代码。

• Capture matplotlib图形。

• 评估使用`{ }

标记的文档区块中的内联代码

• 从Python脚本发布报表。类似于R markdown。

使用Plot进行

• 交互式绘图

• 将其集成到您的流程中。它将满足您的需要，而不是您需要调整工具。(您可以直接使用python生成报表。示例here)

• 自定义CSS支持(超文本传输协议和本地文件)