从numpy数组创建nifti文件

Question

我有一个想要转换成nifti文件的numpy数组。通过文档可以看出，PyNIfTI似乎是通过以下方式做到这一点的：

image=NiftiImage(Array)               

但是，不再支持PyNIfTI。PyNIfTI的继任者NiBabel似乎不支持此功能。我一定漏掉了什么。有人知道怎么做吗？

Answer 1

较新的NiBabel包中的替换函数将称为Nifty1Image。但是，您需要传入定义该图像相对于某个参考系的位置的affine transformation。

在其最简单的形式中，它将如下所示：

import nibabel as nib
import numpy as np

data = np.arange(4*4*3).reshape(4,4,3)

new_image = nib.Nifti1Image(data, affine=np.eye(4))

您还可以使用Nifti2Image写入到NIfTI-2文件格式，这也需要仿射转换。

Answer 2

接受的答案就足够了。我为此添加了几行详细的解释。

import nibabel as nib
import numpy as np

data = np.arange(4*4*3).reshape(4,4,3)

new_image = nib.Nifti1Image(data, affine=np.eye(4))

函数np.eye(n)返回一个n乘n的单位矩阵。

这里，当Nifti处理4x4文件格式时，此np.eye(4)用于生成4x4矩阵。所以你的3乘3矩阵被转换为4乘4乘以4乘以4的单位矩阵。

所以，affine = np.eye(4)总是可以工作的。

同样适用于Nifti1Image和Nifti2Image