关闭打开的h5py数据文件

Question

在我们的实验室中，我们通过python包h5py将数据存储在hdf5文件中。

在实验开始时，我们创建一个hdf5文件，并将数组一个接一个地存储在文件中的数据数组中(以及其他内容)。当实验失败或被中断时，文件不会正确关闭。因为我们的实验是从iPython运行的，所以对数据对象的引用保留在内存中(某处)。

有没有办法扫描所有打开的h5py数据对象并将其关闭？

Answer 1

这就是它是如何做到的(我不知道如何检查文件的封闭性而没有异常，也许你会发现)：

import gc
for obj in gc.get_objects():   # Browse through ALL objects
    if isinstance(obj, h5py.File):   # Just HDF5 files
        try:
            obj.close()
        except:
            pass # Was already closed

另一个想法：

考虑到如何使用这些文件，如何使用上下文管理器和with关键字呢？

with h5py.File("some_path.h5") as f:
   f["data1"] = some_data

当程序流退出with-块时，无论发生什么，文件都会关闭，包括异常等。

Answer 2

pytables ( h5py使用)跟踪所有打开的文件，并提供一种简单的方法来强制关闭所有打开的hdf5文件。

import tables
tables.file._open_files.close_all()

该属性_open_files还提供了一些有用的方法，可以为您提供打开文件的信息和处理程序。

Answer 3

我发现hFile。bool()如果打开则返回True，否则返回False。这可能是最简单的检查方法。换句话说，这样做：

hFile = h5py.File(path_to_file)
if hFile.__bool__():
       hFile.close()