当前工作目录中的setwd()

Question

我有一个文件夹列表。在每个文件夹中都有一个R相同的脚本，这些脚本必须对文件夹中的文件运行。我只写了一次脚本，并将脚本复制到每个文件夹中。问题是我有一个大约100个文件夹的列表，所以我不可能手动在当前的工作目录中设置of ()。我想知道是否可以用例如“”来设置当前的工作目录。通过这种方式：

setwd("/User/myname/./")

或者以另一种简单的方式告诉R当前的工作目录，而不是每次输入文件夹名称。

Answer 1

这个怎么样？

# set the working directory to the main folder containing all the directories
setwd( "/user/yourdir/" )

# pull all files and folders (including subfolders) into a character vector
# keep ONLY the files that END with ".R" or ".r"
r.scripts <- list.files( pattern=".*\\.[rR]$" , recursive = TRUE )

# look at the contents.. now you've got just the R scripts..
# i think that's what you want?
r.scripts

# and you can loop through and source() each one
for ( i in r.scripts ) source( i )

Answer 2

据我所知，您希望触发一批R脚本，其中脚本分布在多个文件夹中。

就我个人而言，我可能会写一个shell脚本(或操作系统的等价物)来做这件事，而不是用R。

for dir in /directoriesLocation/*/
do
    cat $dir/scriptName.R | R --slave --args $arg1 $arg2
done

其中，$dir是包含R script scriptName.R的所有目录的位置。R

Answer 3

除了其他很好的答案之外，source函数还有一个chdir参数，该参数将临时将工作目录更改为源文件所在的目录。

一种选择是使用list.files和/或其他工具，使用每个脚本文件的文件名(包括路径)创建一个向量。然后对其中的每个文件执行source操作，并让带有chdir的source为您设置工作目录。