如何在R中使用'hclust‘作为函数调用

Question

我尝试通过以下方式将聚类方法构建为函数：

mydata <- mtcars

# Here I construct hclust as a function
hclustfunc <- function(x) hclust(as.matrix(x),method="complete")

# Define distance metric
distfunc <- function(x) as.dist((1-cor(t(x)))/2)

# Obtain distance
d <- distfunc(mydata)

# Call that hclust function
fit<-hclustfunc(d)

# Later I'd do
# plot(fit)

但是为什么它会给出以下错误：

Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") : 
  missing value where TRUE/FALSE needed

什么才是正确的方法呢？

Answer 1

请务必阅读您所使用的函数的帮助。?hclust非常清楚第一个参数d是一个不同的对象，而不是一个矩阵：

Arguments:

       d: a dissimilarity structure as produced by ‘dist’.

更新

由于操作员现在已经更新了他们的问题，因此需要的是

hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="complete")
distfunc <- function(x) as.dist((1-cor(t(x)))/2)
d <- distfunc(mydata)
fit <- hclustfunc(d)

原创

你想要的是

hclustfunc <- function(x, method = "complete", dmeth = "euclidean") {    
    hclust(dist(x, method = dmeth), method = method)
}

然后

fit <- hclustfunc(mydata)

按照预期工作。注意，您现在可以将相异系数方法作为dmeth和聚类方法传入。