如何绘制大型ctree()以避免节点重叠

Question

当我绘制来自party包的ctree()的决策树结果时，字体太大，框也太大。它们与其他节点重叠。

有没有办法自定义plot()的输出，使方框和字体更小？

Answer 1

简短的答案似乎是，不，你不能改变字体大小，但有一些其他的好选择。

我知道三种可能的解决方案。首先，您可以更改绘图中的其他参数以使其更紧凑。其次，您可以将其写入图形文件并查看该文件。第三，您可以在partykit包中使用ctree()的替代实现，该包是由相同作者提供的较新的包。

默认绘图示例

library(party)
airq <- subset(airquality, !is.na(Ozone))
airct <- ctree(Ozone ~ ., data = airq, 
               controls = ctree_control(maxsurrogate = 3))
plot(airct)  #default plot, some crowding with N hidden on leafs

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简化的绘图

# simpler version of plot
plot(airct, type="simple",           # no terminal plots
  inner_panel=node_inner(airct,
       abbreviate = TRUE,            # short variable names
       pval = FALSE,                 # no p-values
       id = FALSE),                  # no id of node
  terminal_panel=node_terminal(airct, 
       abbreviate = TRUE,
       digits = 1,                   # few digits on numbers
       fill = c("white"),            # make box white not grey
       id = FALSE)
   )

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这在某种程度上是更好的，并且可以进一步改进它。为了弄清楚这些细节，我最初做了返回"BinaryTree“的class(airct)。有了这些信息，我开始阅读?plot.BinaryTree

写入文件

第二个简单的解决方案是将绘图写入文件，然后查看该文件。您可能需要尝试这些设置以找到最佳匹配。

png("airct.png", res=80, height=800, width=1600) 
   plot(airct) 
dev.off()

改为使用partykit包绘制

最后，您可以使用一些相同作者的更新的、尚未完成的party包的重新实现。在这一点上(2012年12月)，他们重做的唯一函数是ctree()。此版本允许您更改字体大小。

    library(partykit) 
    airct <- ctree(Ozone ~ ., data = airq)
    class(airct)  # different class from before
    # "constparty" "party"  
plot(airct, gp = gpar(fontsize = 6),     # font size changed to 6
  inner_panel=node_inner,
  ip_args=list(
       abbreviate = TRUE, 
       id = FALSE)
  )

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在这里，我将leafs保留为默认设置，因为坦率地说，我从来没有想过如何让它以我想要的方式工作。我怀疑这与软件包不完整的事实有关(截至2012年12月)。您可以阅读以?plot.party开头的plot方法

Answer 2

另一种选择(不会改变你想要的东西，但有可能解决潜在的问题)是改变图形本身的大小，就像我在我的作业课上学到的那样。

替换下面中的r：

{r}

通过以下方式：

{r, fig.width=X, fig.height=Y} 

其中，X和Y需要替换为您根据您认为更好的大小选择的数字。

This website，在整个文档中更详细、更普遍地讨论了这一点。