在R热图中移动色键。2( gplots软件包的功能)

Question

我现在已经阅读了Hotmap.2帮助手册几次了，而且在各种在线教程中，我也没有读到将颜色键移动到不同位置的方法。现在，我想知道这是否可能？

如果您使用的是gplots软件包中的heatmap.2函数，则颜色键默认位于左上角。

Answer 1

可以使用lmat、lhei和lwid参数控制heatmap.2图中每个元素的位置。这些代码由heatmap.2传递给layout命令，如下所示：

layout(mat = lmat, widths = lwid, heights = lhei)

lmat是一个描述如何拆分屏幕的矩阵。默认情况下，heatmap.2将屏幕划分为四个元素的网格，因此lmat是一个2x2矩阵。矩阵中每个元素中的数字描述了绘制下四个图的顺序。Heatmap.2按以下顺序绘制其元素：

• Key

、

1. 热图、
2. 行树形图、
3. 列树形图

因此，默认lmat为：

> rbind(4:3,2:1)
     [,1] [,2]
[1,]    4    3
[2,]    2    1

例如，如果要将键放在热图下面，则应指定：

> lmat = rbind(c(0,3),c(2,1),c(0,4))
> lmat
     [,1] [,2]
[1,]    0    3
[2,]    2    1
[3,]    0    4

lwid和lhei是指定每行和每列的高度和宽度的向量。两者的默认值均为c(1.5,4)。如果你改变了lmat，你要么不得不改变，要么也可能想要改变它们。对于上面的示例，如果我们想让所有其他元素保持相同的大小，但又想在底部设置一个较细的颜色键，我们可以设置

>lwid = c(1.5,4)
>lhei = c(1.5,4,1)

然后，我们准备绘制热图：

>heatmap.2(x,...,lmat = lmat, lwid = lwid, lhei = lhei)

这将绘制一个热图，热图上面是列树状图，左边是行树形图，下面是键。不幸的是，键的标题和标签是硬编码的。

有关layout工作原理的更多详细信息，请参阅?layout。

Answer 2

在heatmap.2相当长的代码中，有一些由par调用定义的特定区域，我没有看到它的原始作者或这些部分的任何“修订者”，尽管他们有时会访问R-help。主要绘图尺寸由2元素向量margins设置。以下是您可能需要进行更改的一些地方：

#1) 
if (!missing(RowSideColors)) {
    par(mar = c(margins[1], 0, 0, 0.5))
    image(rbind(1:nr), col = RowSideColors[rowInd], axes = FALSE)

#2)
if (!missing(ColSideColors)) {
    par(mar = c(0.5, 0, 0, margins[2]))
    image(cbind(1:nc), col = ColSideColors[colInd], axes = FALSE)

#3)
par(mar = c(margins[1], 0, 0, margins[2]))

#4)
par(mar = c(margins[1], 0, 0, 0))

#5)
par(mar = c(0, 0, if (!is.null(main)) 5 else 0, margins[2]))

#6
if (key) {
    par(mar = c(5, 4, 2, 1), cex = 0.75)