blocks|key|4969027|text|另一种答案是given+by+Kasper+Daniel+Hansen+on+the+BioC+mailing+list+(另请参阅the+final+code)。其思想是在可以访问互联网的计算机上安装BiocInstaller，以便下载磁盘上的软件包，然后按正确的顺序将它们安装在没有互联网访问的计算机上。|type|unstyled|depth|inlineStyleRanges|offset|length|style|CODE|entityRanges|data|4969028|entityMap|0|LINK|mutability|MUTABLE|url|https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2012-December/049638.html|1|https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2012-December/049645.html^0|2T|D|6|1I|0|1U|E|1|0^^$0|@$1|2|3|4|5|6|7|P|8|@$9|Q|A|R|B|C]]|D|@$9|S|A|T|1|U]|$9|V|A|W|1|X]]|E|$]]|$1|F|3|-4|5|6|7|Y|8|@]|D|@]|E|$]]]|G|$H|$5|I|J|K|E|$L|M]]|N|$5|I|J|K|E|$L|O]]]]

An alternative answer was <a href="https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2012-December/049638.html" rel="nofollow">given by Kasper Daniel Hansen on the BioC mailing list</a> (see also <a href="https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2012-December/049645.html" rel="nofollow">the final code</a>). The idea is to install <code>BiocInstaller</code> on a machine that has Internet access to download the packages on a disk, and then install them in the right order on the machine without Internet access.

blocks|key|1183612|text|最简单的方法是将软件包安装在相同类型的计算机上(相同的R版本、体系结构(32/64位)、操作系统)，然后将库复制到另一台计算机上。看一看R's+Add-on+documentation，看看你的库存储在哪里。|type|unstyled|depth|inlineStyleRanges|entityRanges|offset|length|data|1183613|entityMap|0|LINK|mutability|MUTABLE|url|http://www.cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#Add_002don-packages^0|1W|O|0|0^^$0|@$1|2|3|4|5|6|7|L|8|@]|9|@$A|M|B|N|1|O]]|C|$]]|$1|D|3|-4|5|6|7|P|8|@]|9|@]|C|$]]]|E|$F|$5|G|H|I|C|$J|K]]]]

The easiest way to do that is to install the packages on a machine of the same type (same R version, architecture (32/64bits), OS), and copy the library to the other machine. Have a look at <a href="http://www.cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#Add_002don-packages" rel="nofollow">R's Add-on documentation</a> to see where your library is stored.

blocks|key|1183642|text|你可以在你的机构里制作一面生物导体镜：|type|unstyled|depth|inlineStyleRanges|entityRanges|data|1183643|http://www.bioconductor.org/about/mirrors/mirror-how-to/|offset|length|1183644|entityMap|0|LINK|mutability|MUTABLE|url^0|0|0|1K|0|0^^$0|@$1|2|3|4|5|6|7|M|8|@]|9|@]|A|$]]|$1|B|3|C|5|6|7|N|8|@]|9|@$D|O|E|P|1|Q]]|A|$]]|$1|F|3|-4|5|6|7|R|8|@]|9|@]|A|$]]]|G|$H|$5|I|J|K|A|$L|C]]]]

You can make a Bioconductor mirror at your institution:

<a href="http://www.bioconductor.org/about/mirrors/mirror-how-to/" rel="nofollow">http://www.bioconductor.org/about/mirrors/mirror-how-to/</a>

blocks|key|3500030|text|我给Bioconductor的朋友发了一封电子邮件，告诉他们在没有互联网的情况下安装RBGL包，得到了一个快速而有帮助的回复。所以我想和大家分享一下：|type|unstyled|depth|inlineStyleRanges|entityRanges|data|3500031|使用此处描述的技术的修改版本的|3500032|：Listing+R+Package+Dependencies+Without+Installing+Packages|blockquote|offset|length|3500033|3500034|您可以得到运行RBGL和图(递归依赖项)所需的所有包的列表。这实际上是RGBL和图形本身加上一个额外的包，BiocGenerics。|3500035|您可以从他们的软件包登录页面下载这些软件包，例如用于BiocGenerics的：|3500036|http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocGenerics.html|3500037|这假设您运行的是R+3.0.x，并且将使用Bioconductor+2.13。如果您使用的是不同版本的Bioconductor，请更改上面URL中的'release‘以匹配其版本号。|3500038|从本页的“package+Downloads”部分，安装适当版本的程序包。对graph_*和RBGL执行此操作，将这三个文件复制到目标计算机，然后在目标计算机上运行(按顺序)R+CMD+INSTALL+BiocGenerics_*+R+CMD+INSTALL+graph_*R+CMD+INSTALL+RBGL_*|3500039|那么你应该准备好了。|3500040|另一件需要考虑的事情是在你的机构防火墙内托管一个Bioconductor的镜像(你也需要托管一个CRAN镜像)。然而，仅仅安装几个包就需要做大量的工作。|3500041|3500042|其中一些是特定于RBGL包的，但是这里有足够的信息，对于任何试图安装Bioconductor包的人来说，这都是很有用的。|3500043|entityMap|0|LINK|mutability|MUTABLE|url|https://stackoverflow.com/questions/14645363/listing-r-package-dependencies-without-installing-packages|1^0|0|0|1|1M|0|0|0|0|0|0|20|1|0|0|0|0|0|0|0^^$0|@$1|2|3|4|5|6|7|19|8|@]|9|@]|A|$]]|$1|B|3|C|5|6|7|1A|8|@]|9|@]|A|$]]|$1|D|3|E|5|F|7|1B|8|@]|9|@$G|1C|H|1D|1|1E]]|A|$]]|$1|I|3|-4|5|6|7|1F|8|@]|9|@]|A|$]]|$1|J|3|K|5|6|7|1G|8|@]|9|@]|A|$]]|$1|L|3|M|5|6|7|1H|8|@]|9|@]|A|$]]|$1|N|3|O|5|6|7|1I|8|@]|9|@$G|1J|H|1K|1|1L]]|A|$]]|$1|P|3|Q|5|6|7|1M|8|@]|9|@]|A|$]]|$1|R|3|S|5|6|7|1N|8|@]|9|@]|A|$]]|$1|T|3|U|5|6|7|1O|8|@]|9|@]|A|$]]|$1|V|3|W|5|6|7|1P|8|@]|9|@]|A|$]]|$1|X|3|-4|5|6|7|1Q|8|@]|9|@]|A|$]]|$1|Y|3|Z|5|6|7|1R|8|@]|9|@]|A|$]]|$1|10|3|-4|5|6|7|1S|8|@]|9|@]|A|$]]]|11|$12|$5|13|14|15|A|$16|17]]|18|$5|13|14|15|A|$16|O]]]]

I emailed the folks at Bioconductor about installing the RBGL package without Internet and got a quick and helpful response. So I thought I would share:

<blockquote>
 Using a modified version of the technique described here:
 <a href="https://stackoverflow.com/questions/14645363/listing-r-package-dependencies-without-installing-packages">Listing R Package Dependencies Without Installing Packages</a>
 
 You can end up with a list of all the packages you need in order to
 run RBGL and graph (the recursive dependencies). This turns out to be
 RGBL and graph themselves plus one additional package, BiocGenerics. 
 
 You can download these packages from their package landing page, e.g.
 for BiocGenerics:
 
 <a href="http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocGenerics.html" rel="nofollow noreferrer">http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocGenerics.html</a>
 
 This assumes you are running R 3.0.x and will be using Bioconductor
 2.13. If you're using a different version of Bioconductor, change the 'release' in the URL above to match its version number.
 
 From the 'Package Downloads' section of this page, install the
 appropriate version of the package. Do this for graph and RBGL and
 well, copy the three files to the target machine and there run (in
 this order) R CMD INSTALL BiocGenerics_* R CMD INSTALL graph_* R CMD
 INSTALL RBGL_*
 
 Then you should be set. 
 
 Another thing to consider is hosting a mirror of Bioconductor inside
 your institution's firewall (you'd need to host a CRAN mirror as
 well). This is a lot of work just to install a couple of packages,
 though.
</blockquote>

Some of this is specific to the RBGL package, but there's enough information here for this to be generally useful to anyone trying to install Bioconductor packages.

I am working on a station where communication by internet is forbiden. Is it possible to install Bioconductor with R CMD INSTALL ? This type of installation is not documented on the Bioconductor web site, and I did not found any information on this topic.

Installing Bioconductor without Internet

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我在一个禁止通过互联网交流的车站工作。是否可以使用R CMD安装来安装Bioconductor？这种类型的安装没有在Bioconductor网站上记录，我也没有找到有关此主题的任何信息。

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