在多个文件上运行python QIIME脚本

Question

我正在尝试创建一个脚本文件，以便在多个文件上运行python脚本(从QIIME管道)，而不是每次都输入脚本(我有大约150个文件，而且还会更多)。

我使用virtualbox来运行ubuntu环境。

我首先使用gedit创建了一个文件"splitvm3.sh“。

此文件包含：

#!/bin/sh
# this is the script for the VM3 experiment ~/splitvm3.sh

split_libraries.py -m mappingVM3001.txt -b 0 -p -f DNA12115-001-L1-R1-ACGCTCGACA.fna -q DNA12115-001-L1-R1-ACGCTCGACA.qual -o split_library_output001

split_libraries.py -m mappingVM3002.txt -b 0 -p -f DNA12115-002-L1-R1-AGACGCACTC.fna -q DNA12115-002-L1-R1-AGACGCACTC.qual -o split_library_output002

然后我使用了这个命令：

chmod +x ./splitvm3.sh

从存储我的文件的目录中。

最后，我通过键入以下命令来运行脚本：

python splitvm3.sh

我看到了错误消息：

SyntaxError: invalid syntax

显然，它指向我的文件的第4行。

我完全缺乏基本的知识来理解哪里出了问题。我在两周前开始了这整个ubuntu/python/QIIME项目，并自学了所有的东西。我们将非常感谢您的每一点帮助！

Seb

Answer 1

我不知道'split_libraries.py‘怎么样

看起来这个脚本写的是错误消息。

处理这“第4行”，并在终端中直接调用它。会发生什么？你从哪里得到'...txt‘文件的？

输入文件的格式或编码是否错误？

Answer 2

问题是您正在尝试使用python解释器运行shell脚本。尽管split_libraries.py确实是一个python脚本，但您尝试使用的脚本实际上是一个shell脚本。

你几乎可以做到这一点，你只需要像这样执行脚本：

sh splitvm3.sh

或者，如果你有一个shebang，你也可以：

./splitvm3.sh

Answer 3

我知道这是一个老问题，这个问题现在可能已经解决了，但错误来自于文件中的多行。

Qiime脚本可以处理多个文件，只要它们是正确的格式。

尝试将"splitvm3.sh“文件另存为：

split_libraries.py -m mappingVM3001.txt -b 0 -p -f DNA12115-001-L1-R1-ACGCTCGACA.fna,DNA12115-002-L1-R1-AGACGCACTC.fna -q DNA12115-001-L1-R1-ACGCTCGACA.qual,DNA12115-002-L1-R1-AGACGCACTC.qual -o split_library_output

然后从存储.fna和.qual文件的同一目录中运行：

python splitvm3.sh