Bioconductor DNACopy package xxx不可用(适用于R版本3.2.1)

Question

我知道有一些类似的问题，特别是这个：How should I deal with "package 'xxx' is not available (for R version x.y.z)" warning?坦率地说，这个答案对我来说有点压倒性的，因为我不太熟悉R设置/安装等。我尝试了一些解决方案，但还没有成功。

我想从这里安装一些bioconductor软件包：https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___CopyNumberVariation，例如"CNVPanelizer"，但我收到了以下错误消息：

> biocLite("CNVPanelizer")
BioC_mirror: http://bioconductor.org
Using Bioconductor version 2.14 (BiocInstaller 1.14.3), R version 3.2.1.
Installing package(s) 'CNVPanelizer'
Old packages: 'PSCBS', 'rgl'
Update all/some/none? [a/s/n]: #--- I tried 'a' and 'n', neither working
Warning message:
package ‘CNVPanelizer’ is not available (for R version 3.2.1) #--- this is the error message I got, as shown in my topic title

对于bioconductor/dnacopy网页中的所有软件包，我都收到了相同的错误信息。

谁有一个简单的解决方案？一步一步的指导将受到高度赞赏！

提亚

试着在这里澄清(作为回答下面的评论)当我被问到"Update all/some/none? a/s/n:“时，我尝试了"a”和"n“两个选项。两者都不起作用。

> library("CNVPanelizer")
Error in library("CNVPanelizer") :
there is no package called ‘CNVPanelizer’

如何安装旧版本的Bioconductor？我会在谷歌上搜索的。谢谢。

更新:我尝试了升级R，Bioconductor，biocinstaller。这适用于此页面上列出的一些包：https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___CopyNumberVariation，如exomeCopy。有些安装时会出现警告；有些安装时会出现错误，例如CNVPanelizer。一个常见的错误是

 Old packages: 'rgl'

我在升级R/Bioconductor之前看到了这个'rgl‘。有时我看到消息说删除'rgl‘和'rgl’重新安装。不知道“rgl”是什么......

Answer 1

您正在运行Bioconductor 3.1，但根据landing page for CNVPanelizer的说法，它是在Bioconductor 3.2中引入的。所以你应该升级：

library(BiocInstaller)
biocLite("BiocUpgrade")

然后，您应该能够安装CNVPanelizer：

biocLite("CNVPanelizer")

实际上，在升级之后，您应该通过调用不带参数的biocLite()来升级所有现有的包。