生物信息学的数据结构

Question

参与生物信息学的人应该知道哪些数据结构？我猜每个人都应该知道列表、哈希、平衡树等，但我希望有特定于域的数据结构。有没有专门讨论这个主题的书？

Answer 1

生物信息学中使用的最基本的数据结构是字符串。还有一系列不同的数据结构来表示字符串。像字符串匹配这样的算法是基于有效的表示/数据结构。

丹·古斯菲尔德的Algorithms on Strings, Trees and Sequences对此进行了全面的研究

Answer 2

许多关于生物信息学的介绍性书籍将涵盖您将使用的一些基本结构。我不确定标准教科书是什么，但我相信你能找到。看看一些特定于语言的书籍可能会很有用：

• Bioinformatics Programming With Python
• Beginning Perl for Bioinformatics

我之所以选择这两个例子，是因为它们是由O‘’Reilly出版的，根据我的经验，O‘’Reilly出版了高质量的书籍。

我的硬盘上恰好有一本Python书，书中有很多关于使用Python处理生物信息学字符串的内容。生物信息学似乎没有使用任何花哨的特殊数据结构，只使用现有的数据结构。

Answer 3

例如，空间散列数据结构(kd-tree)经常用于任意特征向量的最近邻查询以及3d蛋白质结构分析。

最适合你的$$的书是Understanding Bioinformatics by Zvelebil，因为它涵盖了从序列分析到结构比较的所有内容。