pytables安装失败

Question

我有：

sudo pip install --upgrade tables

我得到了：

    /usr/bin/ld: cannot find -lhdf5
collect2: ld returned 1 exit status
.. ERROR:: Could not find a local HDF5 installation.
   You may need to explicitly state where your local HDF5 headers and
   library can be found by setting the ``HDF5_DIR`` environment
   variable or by using the ``--hdf5`` command-line option.
Complete output from command python setup.py egg_info:
/usr/bin/ld: cannot find -lhdf5

但是：

$ echo $HDF5_DIR 
/opt/hdf5/
$ ls /opt/hdf5/
bin  include  lib  share
$ ls /opt/hdf5/lib/
libhdf5.a     libhdf5_hl.la  libhdf5_hl.so.8      libhdf5.la        libhdf5.so libhdf5.so.8.0.1
libhdf5_hl.a  libhdf5_hl.so  libhdf5_hl.so.8.0.1  libhdf5.settings  libhdf5.so.8

怎么了？如何调试？我已经尝试将HDF5_DIR设置为/opt/或/opt/hdf5/lib。

Answer 1

我在Debian sid上尝试在本地的virtualenv中工作时也遇到了同样的错误。为了解决这个问题，我做到了：

apt-get build-dep python-tables
HDF5_DIR=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/ && pip install tables

..。现在它起作用了。

Answer 2

我可以使用以下代码在OSX的虚拟环境中轻松解决这个问题：

    $ brew install hdf5
    $ pyvenv test
    $ workon myvenv # to get pytables working within the virtual environment myvenv
    $ pip install numpy numexpr cython
    $ pip install tables

(摘自https://github.com/PyTables/PyTables/issues/385上的andreabedini帖子)

Answer 3

我也遇到了类似的问题，但我使用的是领先优势，而不是pip版本(见下文)。我还尝试指向这个库本身。

export HDF5_DIR=/usr/lib/libhdf5.so.6

但它并没有起作用。

旁白:如果你认为你的bug最近可能已经被解决了，你可以尝试PyTables的前沿：

sudo pip install git+https://github.com/PyTables/PyTables

。

构建(这是由pip install引起的)在我安装了hdf5库的开发版本(libhdf5-openmpi- dev )之后，似乎进展得更快了。由于其他原因，构建仍然失败，但这是您可以尝试的另一个方向。