GLPK:尝试安装R包时没有这样的文件或目录错误

Question

我正在尝试在依赖于Rglpk的R 3.1.0中安装sparkTable。在进入R执行install.packages("sparkTable")过程之前，我在系统上手动安装了GPLK，并将libs文件夹添加到了LD_LIBRARY_PATH。我在安装过程中遇到此错误。有什么想法吗？

* installing *source* package ‘Rglpk’ ...
** package ‘Rglpk’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
/bin/sh: line 0: cd: GLPK: No such file or directory
make: *** [GLPK.ts] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘Rglpk’
* removing ‘/opt/R/R-3.1.0/lib64/R/library/Rglpk’
ERROR: dependency ‘Rglpk’ is not available for package ‘sparkTable’
* removing ‘/opt/R/R-3.1.0/lib64/R/library/sparkTable’

Answer 1

sudo apt-get install libglpk-dev

帮了我大忙。

Answer 2

我遇到了这个问题，并花了很长时间在包中挖掘，以了解发生了什么。如果Rgplk在安装时不能编译它的测试程序，它会做一些奇怪的事情，包括这张奇怪的cd。假设安装了glpk-devel，它无法编译测试程序的原因是它无法找到gplk头文件，因为它位于非标准目录中。

只需设置环境变量 CPATH=/usr/include/glpk即可

并且测试程序将被编译，从而允许包安装正常进行。

Answer 3

我也有这个问题。下面的步骤为我解决了这个问题。我当前的设置：

• OS: Scientifc版本6.5 (在高性能集群服务器上)
• 本地用户，无根访问权限。未安装
• GLPK

在本地目录中安装GLPK：

wget http://ftp.gnu.org/gnu/glpk/glpk-4.54.tar.gz
tar xfzv glpk-4.54.tar.gz
mkdir GLPK
cd glpk-4.54
./configure --prefix=/home/<username>/GLPK
make
make install

安装Rglpk (0.6-3)：

cd ~
wget http://cran.r-project.org/src/contrib/Rglpk_0.6-3.tar.gz
export LIBRARY_PATH=/home/<username>/GLPK/lib
R CMD INSTALL Rglpk_0.6-3.tar.gz