关于JRI错误的问题

Question

我尝试在Java中运行R脚本，因此我安装了JRI。并运行示例，我在64位windows 7上使用Eclipse。示例代码的一部分如下：

    public static void main(String[] args) {
        System.out.println("Creating Rengine (with arguments)");
 Rengine re=new Rengine(args, false, null);
        System.out.println("Rengine created, waiting for R");
 if (!re.waitForR()) {
            System.out.println("Cannot load R");
            return;
        }

然而，每次我运行它。在打印出"Creating Rengine (with arguments)“从未成功打印出"Rengine created，waiting for R”后，它停止了。

我不知道什么是正确的输入参数，我已经尝试在eclipse运行配置的Program参数下添加"--no-save“，但仍然没有帮助。

有什么建议吗？非常感谢

Answer 1

参考：http://www.rforge.net/JRI/

必须设置启用

• R_HOME包含R.dll的目录必须在您的路径中

• (Mac)：嗯，它是Mac，所以它可以正常工作；)。

• (Unix)：r必须使用--

• -R-shlib编译，包含libR.so的目录必须在LD_LIBRARY_PATH中。另外，JVM和其他相关的Java库必须位于LD_LIBRARY_PATH.

• JRI库中，必须位于当前目录或java.library.path.

• Alternatively中列出的任何目录中，您可以在启动libjvm.so时使用-Djava.library.path=指定其路径。使用后者时，请确保首先检查java.library.path属性，以免破坏系统上的Java.

• Depending、R版本和要使用的其他功能，您可能需要设置其他设置，如R_SHARE_DIR、R_INCLUDE_DIR和R_DOC_DIR。

我自己的笔记：

在Mac上安装R：

参考：http://cran.r-project.org/mirrors.html参考：http://cran.r-project.org/bin/macosx/RMacOSX-FAQ.html

从http://cran.csiro.au/下载了MacOSX二进制R-2.13.0.pkg

在Mac OS X上安装Java Interface for R (JIR)

参考：http://www.rforge.net/JRI/

JIR现在是rJava的一部分。

> install.packages("rJava")
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
trying URL 'http://cran.csiro.au/bin/macosx/leopard/contrib/2.13/rJava_0.8-8.tgz'
Content type 'application/x-gzip' length 769006 bytes (750 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 750 Kb


The downloaded packages are in
    /var/folders/ZZ/ZZ7tAIJsFU8FDfPPp7H53++++TM/-Tmp-//RtmpCHz9Mh/dow

> library(rJava)
> .jinit()
> s <- .jnew("java/lang/String", "Hello World!")
> print(s)
[1] "Java-Object{Hello World!}"

在Mac OS X上使用Eclipse运行JRI示例Java

将rJava/jri/examples/rtest.java复制到Eclipse JRI/src/。将jri目录中的JRI.jar复制到JRI/lib/，并将其添加到构建路径中。

rtest.java可以编译，但不能作为Java应用程序运行。

显然，它需要由./run rtest运行。

在检查了rJava包(在./jri/中)附带的" run“外壳脚本之后，我已经在Eclipse run configuration中设置了这些脚本：

环境：

R_HOME = /Library/Frameworks/R.framework/Resources
PATH=/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/

此外，示例运行shell脚本还设置了以下环境变量：

R_INCLUDE_DIR=Library/Frameworks/R.framework/Resources/include
R_SHARE_DIR=Library/Frameworks/R.framework/Resources/share
R_DOC_DIR=Library/Frameworks/R.framework/Resources/doce
JRI_LID_PATH=Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib:/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin

VM参数：

-Djava.library.path=/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/rJava/jri/

JRI.jar现在在构建路径中被引用，即：

/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/rJava/jri/JRI.jar. 

这会自动出现在run configuration中的-cp选项卡下。

此外，运行配置还需要一个程序参数：--save, --no-save or --vanilla。

Answer 2

它很可能找不到jri.dll或R.dll。如果您什么也看不到，甚至连异常都没有，那么JVM就会崩溃。查找像hs_pid*这样的文件，它应该会告诉您哪个库是罪魁祸首。

Answer 3

我在Windows上与R的斗争中发现了这个问题，尽管在Linux上它刚刚起作用。

我也发现我得到了“创建Rengine (带参数)”，但没有进一步的内容。

它找到了jri.dll和R.dll，这是我能够证明的：

• jri.dll -已将其从当前目录中删除，这会生成错误：

找不到JRI本机库！请确保JRI本机库位于java.library.path中列出的目录中。

java.lang.UnsatisfiedLinkError: java.library.path中没有jri

(复制回来时，请确保采用正确的32位或64位版本，以避免"Can't load IA 32-bit .dll on a AMD64- bit platform“类型错误)

• R.dll位于安装目录C:\Program Files\R\R-2.15.0\bin\x64下。如果run.bat文件中的路径设置不正确(以前是这样)，则会出现略有不同的错误

找不到JRI本机库！请确保JRI本机库位于java.library.path中列出的目录中。

java.lang.UnsatisfiedLinkError:当前DIR\jri.dll:找不到依赖库

在正确设置了这两件事之后(并且没有生成hs_pid*文件)，我发现问题在于run.bat中缺少R_HOME。添加

set R_HOME=C:\Program Files\R\R-2.15.0\

修复了它，现在它似乎对我都起作用了。我不需要在脚本中添加--save、--no-save或--vanilla。此外，它有'runtest‘硬编码，所以./run.bat runtest2将不会驻留。

简而言之: Windows脚本被破坏了(而Linux的“run.bat”脚本是开箱即用的)。