rpy2找不到已安装的外部R包

Question

我以前也这样做过(大约1年前)，但我想通过rpy2再次使用R。我已经确认，当我这样做时，我可以加载默认的包：

from rpy2 import robjects
plot = robjects.r.get('plot')

现在，当我尝试像这样加载外部包时，

from rpy2.robjects.packages import importr
betareg = importr('betareg')

我得到以下错误：

Traceback (most recent call last):

  File "<ipython-input-1-b1ed20534ab9>", line 1, in <module>
    runfile('C:/Users/Patrick/OneDrive/FIDS/betareg.py', wdir='C:/Users/Patrick/OneDrive/FIDS')

  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\spyderlib\widgets\externalshell\sitecustomize.py", line 685, in runfile
    execfile(filename, namespace)

  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\spyderlib\widgets\externalshell\sitecustomize.py", line 71, in execfile
    exec(compile(scripttext, filename, 'exec'), glob, loc)

  File "C:/Users/Patrick/OneDrive/FIDS/betareg.py", line 11, in <module>
    betareg = importr('betareg')

  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\rpy2\robjects\packages.py", line 438, in importr
    env = _get_namespace(rname)

RRuntimeError: Error in loadNamespace(name) : there is no package called 'betareg'

我设置了R_HOME、R_USER和R_LIBS系统变量，以确保R被加载并(希望)指向外部包所在的位置。当我将importr中的lib_loc kwarg设置为包文件夹的路径时，也会发生同样的事情。我可以使用与r2py相同的运行参数(-- library('betareg')，--no-save)通过R中的quiet从命令行加载包。

我是不是漏掉了什么？如何设置才能加载已安装的外部包？

版本信息

操作系统：

Microsoft Windows [Version 10.0.10240]

Python版本：

Python 2.7.10 |Anaconda 2.3.0 (64-bit)| (default, May 28 2015, 16:44:52)
[MSC v.1500 64 bit (AMD64)] on win32

R版本：

R version 3.2.0 (2015-04-16) -- "Full of Ingredients"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

rpy2版本：

>>>import rpy2
>>> rpy2.__version__
'2.6.3'

Answer 1

要在Conda中使用外部R包，您需要在Conda中安装这些包。如果你从R安装它们，你就不能使用它们。要安装它(例如，对于dtw库)，请执行以下操作：

import rpy2.robjects.packages as r
utils = r.importr("utils")
package_name = "dtw"
utils.install_packages(package_name)

输出为：

rpy2.rinterface.NULL

然后你就可以使用这个包了

import rpy2.robjects.numpy2ri
from rpy2.robjects.packages import importr
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

# Set up our R namespaces
R = rpy2.robjects.r

DTW = importr('dtw')   # our package