在E列表中添加带有平均值的列

Question

我只是在使用limma进行微阵列分析的R和im之间摸索。我已经拿起了我的控制( CC)和实验( EE)数据。

我最终得到了一个EList，它有微阵列强度的结果。列是CC-1，CC-2，CC-3和EE-1，EE-2，EE-3，探针名称和系统名称我想添加2列，这将是CC 1-3的平均值和EE 1-3的平均值，但我不确定如何做。有没有简单的方法可以做到这一点？

我可以在excel中做，但我真的想熟悉R并流利地使用它。

Answer 1

首先，我用一些假的微阵列信号值创建了一个数据帧：

d = data.frame(abs(matrix(rnorm(30,mean=5),5,6)))
cc = c('CC-1', 'CC-2', 'CC-3')
ee = c('EE-1', 'EE-2', 'EE-3')
colnames(d) = c(cc,ee)
d 
      CC-1     CC-2     CC-3     EE-1     EE-2     EE-3
1 4.775333 4.702609 6.555690 4.853671 5.391154 6.252322
2 2.819228 4.899276 3.021709 4.474202 4.432656 4.576010
3 4.329981 5.689807 4.417229 5.444785 2.603174 3.207310
4 4.657848 4.840904 5.955579 6.359203 5.093865 5.255560
5 5.631977 5.043603 5.777581 3.985867 2.387029 5.115502

然后使用apply运行一个函数，该函数逐行( 1参数)计算cc列(和第二个应用行中的ee列)的平均值。cc和ee的均值向量被指定为data.frame的新列。

d$ccm=apply(d, 1, FUN=function(x) { mean(x[cc]) } )
d$eem=apply(d, 1, FUN=function(x) { mean(x[ee]) } )
d

     CC-1     CC-2     CC-3     EE-1     EE-2     EE-3      ccm      eem
1 4.775333 4.702609 6.555690 4.853671 5.391154 6.252322 5.344544 5.499049
2 2.819228 4.899276 3.021709 4.474202 4.432656 4.576010 3.580071 4.494289
3 4.329981 5.689807 4.417229 5.444785 2.603174 3.207310 4.812339 3.751756
4 4.657848 4.840904 5.955579 6.359203 5.093865 5.255560 5.151444 5.569543
5 5.631977 5.043603 5.777581 3.985867 2.387029 5.115502 5.484387 3.829466