来自守护进程的错误响应:无法启动容器[8]系统错误:没有这样的文件或目录

Question

我创建了以下Dockerfile，并且能够成功地构建它(sudo docker build -t cmp-genomics .)：

FROM ubuntu:14.04

MAINTAINER x

# Setup OS
RUN apt-get update -y && apt-get upgrade -y
RUN apt-get -y install python-software-properties
RUN apt-get -y install software-properties-common
RUN add-apt-repository ppa:nebc/bio-linux
RUN apt-get update

RUN apt-get install -y wget

RUN apt-get install -y python-setuptools python-docutils python-pip
#RUN pip install snakemake

RUN apt-get install -y emboss=6.6.0+dfsg-2biolinux1
RUN apt-get install -y hmmer=3.1b1-3
RUN apt-get install -y lastz=1.02.00-3biolinux1.1
RUN apt-get install -y ncbi-blast+=2.2.28-2

# Augustus
RUN mkdir /augustus 
RUN wget -c http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus-3.1.tar.gz
RUN tar -xvzf augustus*.tar.gz -C /augustus
RUN rm augustus*.tar.gz
ENV PATH /augustus/bin:/augustus/scripts:$PATH
ENV AUGUSTUS_CONFIG_PATH /augustus/config

# BUSCO
RUN mkdir /busco
RUN wget -c http://busco.ezlab.org/files/BUSCO_v1.1.tar.gz
RUN tar -xvzf BUSCO*.tar.gz -C /busco
RUN rm BUSCO*.tar.gz
RUN chmod +x /busco/BUSCO_v1.1.py

ENTRYPOINT ["/busco/BUSCO_v1.1.py"]

# Cleanup
RUN DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get purge -y build-essential
RUN DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get purge -y gfortran
RUN apt-get clean && rm -rf /var/lib/apt/lists/* /tmp/* /var/tmp/*

然而，当我尝试运行它时，我得到了以下错误：

$ docker run -v /galaxy/downloads:/data cmp-genomics /busco/BUSCO_v1.1.py
no such file or directory
Error response from daemon: Cannot start container 61c57cb5c15f9518464dd173a185a20429645880af100477d6b807c0df4b9e8b: [8] System error: no such file or directory

我做错什么了？

Answer 1

问题不是docker-container，而是"busco"-program -它返回“没有这样的文件或目录”，然后崩溃。也许你必须为文件提供更多的参数，或者python--安装还没有完成？

此外，如果指定了入口点，则不必在运行调用中重复该命令：docker run -v /galaxy/downloads:/data cmp-genomics /busco/BUSCO_v1.1.py以/busco/BUSCO_v1.1.py作为第一个参数调用/busco/BUSCO_v1.1.py程序，该程序返回一个非零的退出代码。

Answer 2

在启动我的docker容器时，我已经遇到过这个错误很多次了。当您尝试访问容器中实际上不存在的某个目录时，通常会弹出此错误。因此，尽管我找不到Dockerfile的任何错误，但是我建议您不要在容器的开头直接运行python文件。

相反，您应该在交互式shell模式下运行容器，并手动验证是否所有文件和目录都已按预期创建，我相信您会发现错误的。