DCA Vegan小DCA1特征值导致奇怪的曲线图

Question

你好，StackOverflow社区，

5周前，我学会了写和读R，这让我更快乐:) Stack Overflow帮了我上百次甚至更多！一段时间以来，我一直在与素食作斗争。到目前为止，我已经成功地制作了漂亮的nMDS图。对我来说，下一步是DCA，但在这里我遇到了麻烦...

让我解释一下:我有一个丰度数据集，其中的列是不同的物种(N=120)，行是横截面(460)。删除了具有横断面代码的列1。丰度以N表示(不是相对的，也不是变换的)。大多数物种是稀有到非常稀有的，少数物种具有非常高的丰度(10000-30000)。总共N个个体大约是100000个。

当我运行decorana函数时，它会返回此信息。

    decorana(veg = DCAMVA) 

    Detrended correspondence analysis with 26 segments.
    Rescaling of axes with 4 iterations.

                    DCA1   DCA2   DCA3   DCA4
    Eigenvalues     0.7121 0.4335 0.1657 0.2038
    Decorana values 0.7509 0.4368 0.2202 0.1763
    Axis lengths    1.7012 4.0098 2.5812 3.3408

然而，特征值非常小……只有1种物种的DCA1值为2，其余均为-1.4E-4等。这个高DCA1点有丰富的1个个体...但这并不是唯一只有一个个体的物种..

                                 DCA1      DCA2      DCA3      DCA4 Totals
    almaco.jack              6.44e-04  1.85e-01  1.37e-01  3.95e-02      0
    Atlantic.trumpetfish     4.21e-05  5.05e-01 -6.89e-02  9.12e-02    104
    banded.butterflyfish    -4.62e-07  6.84e-01 -4.04e-01 -2.68e-01     32
    bar.jack                -3.41e-04  6.12e-01 -2.04e-01  5.53e-01     91
    barred.cardinalfish     -3.69e-04  2.94e+00 -1.41e+00  2.30e+00     15
    and so on

我还不能在StackOverflow上绘制图片，但想法是在Y轴上有扩散，但X值不是。从而在曲线图中产生一条线。

我猜一切都运行得很好，没有返回错误之类的..我真的很想知道这种集群的原因是什么。有谁有线索吗？？这背后有没有生态理念？？

任何帮助都很感谢:)爱埃里克

Answer 1

看起来你的数据有一个“异常值”，一个具有异常物种组成的异常站点。DCA基本上选择了第一个轴来将这个站点与其他所有站点分开，然后DCA2反映了其余站点的主要变化模式。(D)众所周知，CA会受到这个问题的影响(如果你想这么说的话)，但它实际上是在告诉你关于你的数据的一些事情。这可能根本不会影响NMDS，因为metaMDS()映射了样本之间距离的排名顺序，这意味着它只需要将此样本与任何其他样本的距离比下两个最不相似的样本之间的距离稍微远一点。

您可以停止对这类数据使用(D)CA，并在素食中通过metaMDS()继续使用NMDS。另一种方法是应用诸如Hellinger变换之类的变换，然后使用PCA (有关详细信息，请参阅Legendre & Gallagher 2001，Oecologia.)。这种转换可以通过decostand(...., method = "hellinger")应用，但手工也很简单……