写入文件PBS MPI时出错

Question

在PBS集群上使用MPI将一些数据写入文件时，我遇到了一个很大的问题。这是一个简单的问题模拟程序的例子。

#include <mpi.h>

#include <sys/types.h>
#include <sys/stat.h>
#include <unistd.h>


#include <iostream>
#include <fstream>
#include <string>
#include <sstream>
#include <cstdlib>
#include <unistd.h>

int main(int argc, char* argv[]){
int rank;
int size;

MPI_Init(&argc, &argv);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);


// Define hostname
char hostname[128];
gethostname(hostname, 128);

// check and create dump directory
  struct stat buf;
  int rc;
  char *dir="Res";

  rc = stat( dir, &buf );
  if( rc ) // no dir, create
  { if( rank == 0 )
    {
      rc = mkdir( dir, 0771);
      if( rc )
      {std::ostringstream oss;
       oss << "Can't create dump directory \""
          << dir
          << "\"";
      }
    }
    else {
       sleep (2);
    }
  }
  else if( !S_ISDIR( buf.st_mode ) )
  {std::ostringstream oss;
   oss << "Path \""
       << dir
       << "\" is not directory for dump";
  }


   MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
// Every process defines name of file for output (res_0, res_1, res_2.....)
std::ostringstream filename;
filename << dir << "/res_"<< rank;

// Open file 
std::ofstream file(filename.str().c_str());

// Output to file . Output seems like "I am 0 from 24. hostname"
file  << "I am " << rank << " from " << size << ".   " << hostname  << std::endl;

file.close();

MPI_Finalize();

return 0;
}

我用openmpi_intel-1.4.2编译它，使用comand命令

mpicxx -Wall test.cc -o test

然后我用脚本将这个程序排入队列：

#!/bin/bash

#PBS -N test
#PBS -l select=8:ncpus=6:mpiprocs=6
#PBS -l walltime=00:01:30
#PBS -m n
#PBS -e stderr.txt
#PBS -o stdout.txt

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "I run on node: `uname -n`"
echo "My working directory is: $PBS_O_WORKDIR"
echo "Assigned to me nodes are:"
cat $PBS_NODEFILE

mpirun -hostfile $PBS_NODEFILE ./test 

我预计会有这样的结果：

1. New directory "Res" to be created

2. 8*6 different files (res_0, res_1, res_2, ...) to be written to the Res dir

但只写入第一个节点(res_{0..5})中的res_*文件，而其余节点不写入。

有什么问题吗？

谢谢!

Answer 1

好的，让我们假设您在一个跨所有计算节点一致挂载的文件系统上运行。情况就是这样，对吧？因此，我看到的代码片段的主要问题是，所有进程都会同时声明目录，然后在目录不存在的情况下尝试创建它。我不确定到底会发生什么，但我确信这不是最聪明的想法。

既然在本质上你想要的是对目录和/或它的创建(如果需要)进行连续的健全性检查，为什么不让排名为0的MPI进程来做这件事呢？

它会给你类似这样的东西：

if ( rank == 0 ) { // Only master manages the directory creation
    int rc = stat( dir, &buf );
    ... // sanity check goes here and directory creation as well
    // calling MPI_Abort() in case of failure seems also a good idea
}
// all other processes wait here
MPI_Barrier( MPI_COMM_WORLD );
// now we know the directory exists and is accessible
// let's do our stuff

这对你有用吗？