R Bioconductor:未安装topGO

Question

我刚刚完成了R和RStudios的下载，以便与Ubuntu14.04一起使用。我的版本是R 3.0.2。我正在尝试使用RStudio安装Bioconductor package topGO。我使用了代码源(：http://bioconductor.org/biocLite.R“)，得到的信息是："Bioconductor version2.13 ....a在安装R的更新版本后，可以使用更新版本的Bioconductor。”

因此，我从计算机上删除了R，并重新安装了它。我想我有最新的R版本3.0.2。我还在这个新下载的R上运行了biocLite("BiocUpgrade")，并得到了错误消息：

BioC_mirror: http://bioconductor.org
Using Bioconductor version 2.13 (BiocInstaller 1.12.1), R
  version 3.0.2.
Warning messages:
1: Bioconductor version 2.13 is the latest available for R
  version 3.0.0 
2: installed directory not writable, cannot update packages
  'boot', 'class', 'cluster', 'codetools', 'foreign',
  'KernSmooth', 'lattice', 'Matrix', 'mgcv', 'nlme', 'nnet',
  'rpart', 'spatial', 'survival' 

我不知道这是什么意思，所以我只是尝试使用biocLite(" topGO ")下载topGO。它开始下载，但随后停止并给出错误消息：

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'GO.db', details:
  call: match.arg(synchronous, c("off", "normal", "full"))
  error: 'arg' must be NULL or a character vector
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/home/sprout/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/GO.db’
ERROR: dependency ‘GO.db’ is not available for package ‘topGO’
* removing ‘/home/sprout/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/topGO’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpqFXYZT/downloaded_packages’
Warning messages:
1: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘GO.db’ had non-zero exit status
2: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘topGO’ had non-zero exit status
3: installed directory not writable, cannot update packages 'boot', 'class', 'cluster', 'codetools', 'foreign', 'KernSmooth',
  'lattice', 'Matrix', 'mgcv', 'nlme', 'nnet', 'rpart', 'spatial', 'survival' 

有什么想法吗？谢谢你的帮助!

Answer 1

您的计算机上没有最新版本的R。有几个包需要更新的版本。我建议您按照https://cran.r-project.org/上的说明安装最新版本的R(当前版本是3.2.1)，然后重试。

Answer 2

问题：安装目录不可写，无法更新程序包'boot‘、'class’、'cluster‘、'codetools’、'foreign‘、'KernSmooth’、'rpart‘、'Matrix’、'mgcv‘、'nlme’、'nnet‘、’rpart‘、'spatial’、'survival'

解决方案:在终端中以root用户身份运行R

1，sudo R 2，biocLite("BiocUpgrade") 3，更新选项：(类型)a