使用R进行Holm sidak调整

Question

我对使用R非常陌生，我正在运行一个包含两个因素(交互)的方差分析，并取得了成功。接下来，我想进行群体之间的比较。我知道使用TukeyHSD命令可以做到这一点。然而，我们的研究小组以前曾使用SigmaPlot来运行统计，这使用了Holm-Sidak方法。所以我的主管希望我在R上运行Holm-Sidak，这样我们就可以比较结果并确保它们是相同的。

有人知道怎么做吗？我试过在网上搜索，但找不到答案。似乎我需要输入未调整的p值，以便运行一些代码并返回调整后的p值，但我对这些未调整的p值应该从哪里来感到困惑。它们来自于先运行成对测试吗？

我将非常感谢您对此的任何指导。

Answer 1

Pierre Legendre中的代码对R中的方差分析执行Holm-Šidák调整：

Sidak <- function(vecP)
#
# This function corrects a vector of probabilities for multiple testing
# using the Bonferroni (1935) and Sidak (1967) corrections.
#
# References: Bonferroni (1935), Sidak (1967), Wright (1992).
#
# Bonferroni, C. E. 1935. Il calcolo delle assicurazioni su gruppi di teste. 
# Pp. 13-60 in: Studi in onore del Professore Salvatore Ortu Carboni. Roma.
#
# Sidak, Z. 1967. Rectangular confidence regions for the means of multivariate 
# normal distributions. Journal of the American Statistical Association 62:626-633.
#
# Wright, S. P. 1992. Adjusted P-values for simultaneous inference. 
# Biometrics 48: 1005-1013. 
#
#                  Pierre Legendre, May 2007
{
k = length(vecP)

vecPB = 0
vecPS = 0

for(i in 1:k) {
   bonf = vecP[i]*k
   if(bonf > 1) bonf=1
   vecPB = c(vecPB, bonf)
   vecPS = c(vecPS, (1-(1-vecP[i])^k))
   }
#
return(list(OriginalP=vecP, BonfP=vecPB[-1], SidakP=vecPS[-1]))
}

或者，您也可以使用包dunn.test。它执行您想要的类型的多个比较，尽管是在秩和上，并且具有使用"method = sidak"进行Holm-Šidák调整的选项。