我打算通过for循环附加我的线性回归结果，但得到了一个错误。我该怎么解决它呢？

Question

我是R的新手。我有个问题。

我需要根据各种临床变量(dat[,1:27] - factor)来测试所有的基因表达值(dat[,28:63] - numeric)。我的初始代码是

dat <- readRDS("TCGA GLUT data.rds")
str(dat)

a <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Gender, data=dat))$coefficients, 5)
b <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Race, data=dat))$coefficients, 5)
c <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Age_Dx, data=dat))$coefficients, 5)
d <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Recurrence, data=dat))$coefficients, 5)
e <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Vital_Status, data=dat))$coefficients, 5)
f <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Hashimoto, data=dat))$coefficients, 5)
g <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Histologic_Dx, data=dat))$coefficients, 5)
h <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Max_Size, data=dat))$coefficients, 5)    
i <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Metastatic_LN, data=dat))$coefficients, 5)
j <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ ETE, data=dat))$coefficients, 5)
k <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ T_stage, data=dat))$coefficients, 5)
l <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ N_stage, data=dat))$coefficients, 5)
m <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Stage, data=dat))$coefficients, 5)
n <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ BRAF_V600E, data=dat))$coefficients, 5)

SLC2A1.result <- rbind(a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n)
SLC2A1.result

这项工作非常繁重，需要手动更改所有基因名称(SLC2A1 -> SLC2A2 -> SLC2A3...)所以我做了一个这样的for循环。

result <- data.frame()
for (i in 28:63){
 a <- summary(lm(dat[,i] ~ Gender, data=dat))$coefficients
 b <- summary(lm(dat[,i] ~ Race, data=dat))$coefficients
 c <- summary(lm(dat[,i] ~ Age_Dx, data=dat))$coefficients
 d <- summary(lm(dat[,i] ~ Recurrence, data=dat))$coefficients
 e <- summary(lm(dat[,i] ~ Vital_Status, data=dat))$coefficients
 f <- summary(lm(dat[,i] ~ Hashimoto, data=dat))$coefficients
 g <- summary(lm(dat[,i] ~ Histologic_Dx, data=dat))$coefficients
 h <- summary(lm(dat[,i] ~ Max_Size, data=dat))$coefficients     
 i <- summary(lm(dat[,i] ~ Metastatic_LN, data=dat))$coefficients
 j <- summary(lm(dat[,i] ~ ETE, data=dat))$coefficients
 k <- summary(lm(dat[,i] ~ T_stage, data=dat))$coefficients
 l <- summary(lm(dat[,i] ~ N_stage, data=dat))$coefficients
 m <- summary(lm(dat[,i] ~ Stage, data=dat))$coefficients
 n <- summary(lm(dat[,i] ~ BRAF_V600E, data=dat))$coefficients 
 result[i] <- rbind(a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n)
 }

然而，我得到了一个错误。

Error in `[.data.frame`(dat, , i) : undefined columns selected

我不能意识到我的错误在哪里，我该如何解决它。请帮帮我！！

Answer 1

您应该了解summary(lm(...))$coefficients是一个2x4矩阵。因此，代码中的rbind(a,b,c,...)构建了一个28x4矩阵。然后，如果您编写result[i] <- rbind(a,b,c,...)，则将一个矩阵赋给结果data.frame的i-th列。

我建议您为每个基因创建一个矩阵，就像您在第一个示例中所做的那样，并为每个基因构建一个矩阵列表。然后，您可以将名称分配给与您的基因名称相对应的列表索引。这将产生如下所示的代码。

result <- list()
offset <- 27
for (i in 28:63){
  a <- summary(lm(dat[,i] ~ Gender, data=dat))$coefficients
  b <- summary(lm(dat[,i] ~ Race, data=dat))$coefficients
  c <- summary(lm(dat[,i] ~ Age_Dx, data=dat))$coefficients
  d <- summary(lm(dat[,i] ~ Recurrence, data=dat))$coefficients
  # more...
  gene.mat <- rbind(a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n)
  result[[i - offset]] <- round(gene.mat, 5)
}
# name the indices by creating a character vector "SLC2A1", "SLC2A2", ...
names(result) <- paste0("SLC2A", 1:36)

然后，您可以使用result$SLC2A1访问矩阵。