如何从agnes中提取聚类中心并输入到kmeans中？

Question

为了得到一个好的聚类结果，One recommended method首先使用层次聚类方法，选择多个聚类，然后提取质心，然后将其作为K均值聚类算法重新运行，并预先指定中心。一个玩具示例：

library(cluster)
data(animals)
ag.a  <- agnes(agriculture, method = "ward")
ag.2 <- cutree(ag.a, k = 2)

这会给我两个簇。我如何提取聚类中心的格式，然后将其放入kmeans()算法中，并将其重新应用于相同的数据？

Answer 1

您可以使用聚类来分配集群成员资格，然后计算集群中所有观测值的中心。如果传入矩阵，kmeans函数允许您通过centers=参数指定初始中心。您可以使用以下命令完成此操作

library(cluster)
data(animals)
ag.a  <- agnes(agriculture, method = "ward")
ag.2 <- cutree(ag.a, k = 2)

# calculate means per group
cent<-aggregate(cbind(x,y)~ag.2, agriculture, mean)
# pass as initial centers
kmeans(agriculture, cent[,-1])