如何使用Shell中的函数将批处理作业发送到PBS？

Question

我可以使用非交互式批处理作业和/或交互式批处理作业这两种方法向PBS提交作业。但是，我需要在函数中使用pbs命令。在另一个世界里，我需要这样的结构：

#!/bin/sh
pbs_setup () {
 #PBS -l $1 
 #PBS -N $2
 #PBS -q normal                                         
 #PBS -A $USER                                                                                      
 #PBS -m ae                                                                                              
 #PBS -M $USER"@gmail.com"                                                                        
 #PBS -q normal
 #PBS -l nodes=1:ppn=8
 #PBS
}    
pbs_setup "walltime=6:00:00" "step3";

echo " "
echo "Job started 
echo " "
echo "Job Ended 

当我提交此作业时，它不工作。

实际上，我的最终目标是将job的命令与代码主体分开。因此，当HPC将改变时，我只编辑一个包含此功能的shell文件，而不是编辑所有的shell。

Answer 1

作业脚本问题在于，#PBS行必须是脚本文件中的第一个非注释行。

在尝试执行相同的概念时，我使用了与您相同类型的函数，但将结果和实际命令cat到另一个文件中。也就是说，一个拱形脚本创建'job‘脚本。您可以将高性能计算需求放在一个单独的文件中，然后从创建脚本中对其进行source。

响应注释进行编辑:例如，指定开始作业的路径：

#PBS - d init_path

要用于作业的工作目录路径，PBS_O_INITDIR

或

#PBS -D root_path

要用于作业的根目录PBS_O_ROOTDIR。

或

#PBS -w working_path

如果未指定-w选项，则默认工作目录为当前目录。此选项设置环境变量PBS_O_WORKDIR。

因此，当您调用脚本将脚本提交到qsub时，默认的PBS_O_WORKDIR是您所在的当前目录。

因此，如果您为相对于实际脚本运行环境的路径设置了特定选项(d、D、w)，您将能够使用您想要的路径。

有关这些选项和其他选项的默认值的详细信息，请查看您的应用程序的手册页。如果使用PBS系统的Torque版本，可从linux.die.net - qsub获得

Answer 2

您可以创建自定义提交命令，该命令收集作业选项并将它们作为命令行参数发送到实际的qsub调用。

这是一个相当基本的例子。在实际使用中，我会添加更复杂的参数处理，以适应作业的类型，并与qsub接口更一致。此外，处理交互式作业还需要额外的工作。

1. submit.sh

#!/bin/bash walltime="${2:-06:00:00}“name="${3:-step3}”queue="normal“acct="$USER”mailevents="ae“mailaddress="$USER@gmail.com”resources="nodes=1:ppn=8“if $# -lt 1；然后回显“用法: submit.sh脚本[挂牌时间名称]”>退出1 fi script="$1“qsub -l "$walltime”-N "$name“-q "$queue”-A "$acct“\ -m "$mailevents”-M "$mailaddress“-l "$resources”echo

#!/bin/bash echo“”echo“”作业已开始“echo”“echo”“作业已结束”

这应该被用作

    submit.sh script.sh 06:00:00 step3