python中的SPM Dicom转换(Ipython/ Nipype)

Question

我是python的新手，更确切地说，是ipython。正如NiPype所描述的，我已经完成了在名为SPM的统计包中运行一个非常简单的Dicom转换的步骤。我不能让它运行，我想知道我做错了什么。我没有收到错误消息，相反，没有文件更改或输出。它就挂起来了。有人知道我可能做错了什么吗？很可能我在这里遗漏了一些非常简单的东西(对不起:(

import os
from pylab import *
from glob import glob
from nipype.interfaces.matlab import MatlabCommand as mlab
mlab.set_default_paths('/home/orkney_01/s1252042/matlab/spm8')
from nipype.interfaces.spm.utils import DicomImport as di

os.chdir('/sdata/images/projects/ASD_MM/1/datafiles/restingstate_files')
filename = "reststate_directories.txt"
restingstate_files_list = [line.strip() for line in open(filename)]

for x in restingstate_files_list:
    os.chdir( x )
    y = glob('*.dcm')
    conversion = di(in_files = y))
    print(res.outputs)

Answer 1

您正在创建一个DicomImport接口，但实际上并没有运行它。你应该有res = di.run()。

此外，最好在运行之前使用di.base_dir = '/some/path'告诉接口在哪里运行。

最后，您可能还想打印restingstate_files_list的内容，以检查是否正确地找到了DICOM目录。