使用csplit拆分fasta文件

Question

我需要将一个大的fasta文件拆分为较小的文件。我正在尝试以下命令：

csplit -z input.fasta '/>/‘'{*}’

但是它生成了很多文件(对于每个">")。有没有办法要求只创建两个较小的文件？

谢谢

Answer 1

根据它的manpage，在每次出现给定模式时，csplit都会拆分一个文件--因此，它会为每个序列生成一个文件。

如果你想按文件大小拆分文件而忽略它的内容，你可以看看带有-C-parameter的split。

然而，您可能无法获得两个有效的fasta文件，因为文件中间的序列块可能会被拆分。