这些数字范围是否相互重叠

Question

我一直在使用两个不同的目标预测程序来预测基因上的结合位点，并使用R来处理我得到的结果

问题是，这些程序给出的每个基因的靶点数量不同，位置也略有不同。我试图做的是看看这些位置是否相同，或者至少，如果我有开始位置和停止位置，这些范围在程序之间是否重叠。

假设我有两个程序X和Y；

X预测两个站点，x1是两个站点的开始位置，x2是停止位置。Y也是如此

x1<-c(1521,1259)
x2<-c(1544,1282)

y1<-c(1825,1522,1259,362)
y2<-c(1848,1543,1282,384)

因此，这两个X站点都重叠了Y中的站点，并在表中输出这些位置：

|   x1     |   x2     |   y1     |   y2     |

|   1521   |   1544   |   1522   |   1543   |
|   1259   |   1282   |   y1259  |   1282   |

我最初的想法是，如果每个程序只有一个站点，那么执行以下操作将告诉我它们是否重叠。( y的停止位置，应大于起始位置x，且x的停止位置大于y)

x1 <= y2 && y1 <= x2

我不确定我如何才能对我的问题做同样的事情，至少不能不写很多循环和of。

Answer 1

IRanges包(以及基因组数据GenomicRanges，当染色体和可能的链很重要时)允许您定义范围

library(IRanges)
x <- IRanges(x1, x2)
y <- IRanges(y1, y2)

并问一些关于它们的问题

y %over% x     # any type of overlap
y %within% x   # strictly within

有关更多详细信息，请参阅?findOverlaps、package vignettes (来自上面的登录页面)、这些出版物a、b和Bioconductor support site (如果ranges基础设施看起来有用)。