在CGI脚本中运行perl脚本

Question

我是生物信息学的新手，但我知道perl脚本。我写了几个脚本来解析pdb文件(蛋白质晶体结构文件)。现在，我想在web服务器上运行这些程序。我在我的ubuntu中安装了apache2。我已经读到了一些关于CGI的内容，它位于本地web服务器的/usr/lib/cgi-bin/中。我需要将我的所有perl脚本放在该目录中。这些脚本从命令行ex: perl contacts.pl pdbFile.pdb获取输入。

现在，如何在perl CGI脚本中运行这些脚本，以便CGI脚本动态抛出html页面并请求用户输入(我猜这包括PHP )。最后，我应该有一个能够在用户输入时运行perl脚本(contacts.pl)的html页面。

如果不能在html网页中运行我的perl脚本，还有什么选择呢？

任何帮助都将不胜感激。

Answer 1

我不认为我会通过CGI运行所有的东西。如果我是您，我会考虑使用perl web框架来生成网页和(假设)上传文件，然后调用现有代码来解析pdb文件并获得您感兴趣的任何内容。

一些流行的框架：

http://mojolicio.us/

• Dancer：http://perldancer.org/

：

• Mojolicious

至于运行with服务器，他们应该有针对apache的部署指南和说明。或者使用另一个use服务器，比如starman，它可以很容易地运行perl webapps。

Answer 2

首先，你可以从下面的链接获得基本的想法：

Perl/CGI script with Apache2

CGI script calling a perl script

First Perl CGI script