在OSX Mavericks上的R中安装rjags

Question

我尝试在R中安装"rjags“包，但遇到以下错误：

Loading required package: rjags

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rjags', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/rjags/libs/rjags.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/rjags/libs/rjags.so, 10): Symbol not found: __ZN5RangeC1ERKSt6vectorIiSaIiEES4_
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/rjags/libs/rjags.so
  Expected in: /usr/local/lib/libjags.3.dylib
in /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/rjags/libs/rjags.so
Error: package ‘rjags’ could not be loaded

我已经在我的Mac上安装了JAGS (运行Mavericks)，并且我正在运行R-3.1.2。按照这个site的建议，我已经尝试使用devtools包从url安装

install_url("http://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/rjags/3/rjags_3-2.tar.gz",
                      args="--configure-args='--with-jags-include=/Users/casallas/homebrew/opt/jags/include/JAGS        
                                              --with-jags-lib=/Users/casallas/homebrew/opt/jags/lib'
                            "
                      )

我还仔细阅读了这个other site上的说明，尝试了不同版本的JAGS，但收到了相同的错误。我不知道下一步该怎么做，我相信解决方案很简单。有谁有什么见解吗？非常感谢！

Answer 1

我发现，虽然我无法从url安装rjags，但如果我在我的计算机上安装了来自source的包，我就成功了。为此，我从here下载了适当的包(对我来说是rjags_3-14.tgz)，并运行以下命令：

install.packages(path_to_file, repos = NULL, type="source")

Answer 2

错误：

    Symbol not found: __ZN5RangeC1ERKSt6vectorIiSaIiEES4_

(几乎)总是由Mavericks构建的R(实际上是rjags)和Snow Leopard构建的JAGS (反之亦然)之间的标准库之间的不匹配造成的。有关更多信息，请参阅https://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/JAGS/3.x/Mac%20OS%20X/上的说明

我猜你自己从源代码编译包是可行的，因为它与JAGS正在使用的标准库的版本相匹配，但这将不再与R正在使用的版本相匹配(尽管我不确定这是否是一个主要问题，但不建议这样做)。您最好匹配R和JAGS的构建，并使用CRAN中预先构建的rjags库。

有趣的是，您说您已经尝试了两个版本的JAGS，但我建议您再试一次：

1)在R中使用.Platform$pkgType确认您使用的是mac.binary (SL)还是mac.binary.mavericks ( Mavericks ) -否则，请从CRAN重新安装R的Mavericks二进制文件

2) R出口

3)重新安装相应版本的JAGS

4)重新打开R并从CRAN重新安装rjags库

5)试用库(Rjags)

如果这不起作用，您能否提供更多信息，以便我可以尝试跟踪JAGS构建中可能出现的问题？

谢谢,

哑光