从pairwise.t.test中提取t值

Question

我想知道是否可以从pairwise.t.test函数中提取t值，因为它只报告p值。在运行重复测量anova之后，我使用pairwise.t.test()进行多次比较，该anova报告了一个显着的主效应。

非常感谢你提前！

Answer 1

当试图弄清楚这样的事情时，有一些简单的事情可以尝试(当然，不能保证它们在任何给定的实例中都能工作)。首先要尝试的是查看文档(?pairwise.t.test)，看看Value下面列出了什么。在这种情况下，它只说：

"pairwise.htest“类的

对象

要尝试的第二件事是获取一个示例对象并将其赋给一个变量，然后您就可以运行str(obj)了。下面使用文档中的示例：

attach(airquality)
Month <- factor(Month, labels = month.abb[5:9])
obj <- pairwise.t.test(Ozone, Month)
str(obj)
List of 4
 $ method         : chr "t tests with pooled SD"
 $ data.name      : chr "Ozone and Month"
 $ p.value        : num [1:4, 1:4] 1 0.000264 0.000195 1 NA ...
  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. ..$ : chr [1:4] "Jun" "Jul" "Aug" "Sep"
  .. ..$ : chr [1:4] "May" "Jun" "Jul" "Aug"
 $ p.adjust.method: chr "holm"
 - attr(*, "class")= chr "pairwise.htest"

不幸的是，这并没有显示出我们希望看到的东西(例如，像$ t.stat这样的东西)。

最后一种选择是查看代码。您可以通过在命令提示符下键入不带括号的函数调用来获取它：

> pairwise.t.test
function (x, g, p.adjust.method = p.adjust.methods, pool.sd = !paired, 
    paired = FALSE, alternative = c("two.sided", "less", "greater"), 
    ...) 
{
    <code omitted>
    if (pool.sd) {
        <code omitted>
        }
    }
    else {
        <code omitted>
        compare.levels <- function(i, j) {
            xi <- x[as.integer(g) == i]
            xj <- x[as.integer(g) == j]
            t.test(xi, xj, paired = paired, alternative = alternative, 
                ...)$p.value
        }
    }
    PVAL <- pairwise.table(compare.levels, levels(g), p.adjust.method)
    ans <- list(method = METHOD, data.name = DNAME, p.value = PVAL, 
        p.adjust.method = p.adjust.method)
    class(ans) <- "pairwise.htest"
    ans
}

关键部分是定义的函数compare.levels，它只保留底层t-test中的p值。因此，对你的问题的直接回答是不，你不能提取t-统计。

Answer 2

您可以通过编写自定义函数从pairwise.t.test获得t值(以及dfs)。See my previous post。