绘图材料结构- Pymatgen

Question

有没有人用过pymatgen？当我访问official site of pymatgen的时候。我看了快速入门教程。我觉得这个套餐很不错。我的问题是，我想要绘制材料结构，如图所示。

我从那个网站上得到了一些信息，用来绘制结构图

#Visualize a structure. Requires VTK to be installed.

pmg view filename

我已经下载了VTK。但是我不知道，如何使用它。我听不清楚。

Answer 1

请安装支持python的vtk，具体取决于机器上的python版本。

对于python 3

conda install -c clinicalgraphics vtk

对于python 2

conda install -c anaconda vtk

Answer 2

我和我的同事经常使用pymatgen，但我们添加了一个外部包来在jupyter笔记本中显示pymatgen结构，称为nglview。

conda install -c conda-forge nglview 

要显示structure_to_show ( pymatgen结构对象)：

    import nglview as nv

    view = nv.show_pymatgen(structure_to_show)
    view.add_unitcell()
    view

这可以非常快地处理非常大的结构。