gnu并行不识别用户定义的函数

Question

我无法让gnu并行函数实现我构建的自定义函数。

我的功能是：

function run_cuffLinks() {
    inputBAM="${HOME}/Analyses/P_miniata/CleanUpPipeline/TH_${1}/${1}.realigned.bam"
    if [[ ! -f $inputBAM ]]; then echo -e "$inputBAM could not be found\nexit 1" ; fi 
    WORKING_DIR="${HOME}/data/CuffLinks/TH_$1"
    if [[ ! -d $WORKING_DIR ]]; then mkdir -p $WORKING_DIR; fi

    REF="${HOME}/ReferenceSequences/GATK_pmin.scaf.fa"
    if [[ ! -f $REF ]]; then echo -e "$inputBAM could not be found\nexit 1" ; exit 1; fi 

    GTF_FILE="${HOME}/ReferenceSequences/genes.sorted.gff3"    
    if [[ ! -f $GTF_FILE ]]; then echo -e "$inputBAM could not be found\nexit 1" ; exit 1; fi 

    cufflinks \
    --output-dir $WORKING_DIR \
    --num-threads 2 \
    --frag-len-mean 100 \
    --GTF-guide $GTF_FILE \
    --frag-bias-correct $REF \
    -L "HH" \
    $inputBAM ;
}

当我进入时：

parallel --no-notice -j+2 run_cuffLinks {} ::: sample1 sample2 sample3

我得到了输出：

/bin/bash: run_cuffLinks: command not found
/bin/bash: run_cuffLinks: command not found
/bin/bash: run_cuffLinks: command not found

如果我在函数名前面包含一个'$‘符号，我会得到：

/bin/bash: sample1: command not found
/bin/bash: sample2: command not found
/bin/bash: sample3: command not found

我还尝试使用-pipe --recend和--rrs选项，但没有得到积极的结果。GNU parallel不能处理用户定义的函数吗？

Answer 1

您不需要写您是否已经完成了本教程(man parallel_tutorial)。因为它显示您必须export -f该函数，并且由于您没有编写该函数，我相信您可能忘记了这一点：

export -f run_cuffLinks
parallel ...

从20180522版开始，您还可以使用env_parallel

env_parallel --session
[define functions and variables here that you want parallel to see]
# Use env_parallel like you would parallel
env_parallel run_cuffLinks ...

PS:使用--bibtex一次，以避免--以后没有通知。