Dendropy互操作和numpy数组

Question

我目前正在尝试使用python Dendropy库，并在我的代码中包含一些PAUP命令。

我将矩阵作为numpy数组，但是看起来numpy数组和这个模块有问题。

***Distance matrix A (Numpy array)***

[[ 0  2  7  8 16 17]
 [ 2  0  5  6 17 16]
 [ 7  5  0  9 15 13]
 [ 8  6  9  0 18 16]
 [16 17 15 18  0  5]
 [17 16 13 16  5  0]]

我尝试使用：A=numpy.matrix(A)将numpy数组转换为numpy矩阵

import dendropy
from dendropy.interop import paup     

#A is a distance matrix like this    

tree = paup.estimate_tree(A, 'nj')

我得到的错误是：AttributeError: 'matrix' object has no attribute 'write_to_stream'

或者：

AttributeError: 'numpy.ndarray' object has no attribute 'write_to_stream'

任何帮助都将不胜感激。

Answer 1

我从未使用过DendroPy，但从您报告的错误和快速浏览DendroPy文档(例如http://packages.python.org/DendroPy/tutorial/chars.html和http://packages.python.org/DendroPy/tutorial/paup.html)可以清楚地看出，estimate_tree需要某种CharacterMatrix对象(在DendroPy中定义的类)，而不是NumPy数组或矩阵。