基因组图中的断线biopython

Question

我正在使用基因组图来显示基因组信息。我想用断线来分隔功能名称和它的位置。然后我会这样做：

gdFeature.add_feature(
    feat,
    color=red,
    sigil="ARROW",
    name=feat.qualifiers['product'][0].replace(" ", "_") + "\n" +
    str(feat.location.start) + " - " + str(feat.location.end),
    label_position="middle",
    label_angle=0,
    label=True)

gdFeature是要素类(http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Graphics.GenomeDiagram._Feature.Feature-class.html )的实例

问题是，当我将图片保存为PDF格式时，我得到的是一个黑色正方形，而不是一条断线：example here

这不是我真正想要的。有没有办法做到这一点？

谢谢

Answer 1

我看不到一条直接的路。Biopython使用Reportlab生成pdf。在GenomeDiagram中，调用函数drawString来写入名称/标签(函数为here)。例如，当您传递类似“第一行\n第二行”的标签时，ReportLab会生成类似于(数字是由数字组成的)的PDF代码：

BT /F1 48 Tf 1 0 0 1 210 400 Tm (First\nSecond)Tj ET

但这不是在PDF中打印两行的方法。实际上，您必须有两行不同的代码，例如：

BT /F1 48 Tf 1 0 0 1 210 400 Tm (First)Tj ET
BT /F1 48 Tf 1 0 0 1 210 400 Tm (Second)Tj ET

而AFAIK，Biopython没有实现它。