在Yosemite OSX中使用带有foreach和doMC的随机森林的问题

Question

自从在我2012年末的mac mini上更新到Yosemite OSX以来，我所有使用foreach和doMC进行并行计算的脚本都抛出了以下错误：

The process has forked and you cannot use this CoreFoundation functionality safely. You MUST exec().
Break on __THE_PROCESS_HAS_FORKED_AND_YOU_CANNOT_USE_THIS_COREFOUNDATION_FUNCTIONALITY___YOU_MUST_EXEC__() to debug.

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计算完成，但除了控制台中的错误输出之外，我还剩下8个打开的僵尸节点。当执行多个并行脚本时，这会导致系统被这些僵尸节点淹没，这些节点会在后台消耗CPU和RAM，从而快速粘合整个过程：

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由于这个问题与系统相关，我不确定是否可以提供一个在您的机器上也会失败的最小示例，但是下面的脚本在我的机器上重现了这个错误。

install.packages(c('foreach', 'doMC', 'bigrf'))
library(bigrf)
data(Cars93, package="MASS")
x <- Cars93
y <- Cars93$Type
vars <- c(4:22)
forest <- bigrfc(x, y, ntree=30L, varselect=vars, cachepath=NULL)

有没有其他Yosemite用户经历过这种情况？有谁知道这是怎么回事吗？我绝对需要解决这个问题，我不希望通过清除我的硬盘并重新安装OSX Mavericks来解决这个问题。

干杯,

Aaron

Answer 1

由@SteveWeston回答，上图：

解决这个问题的最简单方法是在终端窗口中使用R BATCH script.R或Rscript script.R运行脚本文件。例如，将以下示例保存为test_case.R

library(bigrf)
library(doMC)
data(Cars93, package="MASS")
registerDoMC(detectCores())
x <- Cars93
y <- Cars93$Type
vars <- c(4:22)
forest <- bigrfc(x, y, ntree=30L, varselect=vars, cachepath=NULL)
preds <- predict(forest, x)
print(preds)

通过切换到该驱动器并运行Rscript test_case.R，从保存在计算机上的任何位置运行此文件。我想知道为什么这个问题出现在GUI中？

谢谢你，史蒂夫！

干杯,

Aaron

Answer 2

更容易的是，您可以转到Advanced options并取消选择Use multithreading for calculations。这样你就可以避免分叉了。

这对我很管用。