JRI的问题

Question

我正在尝试运行JRI的一个示例，但没有成功，这里有一个指向该示例的链接。http://blog.comsysto.com/2013/07/10/java-r-integration-with-jri-for-on-demand-predictions/

import org.rosuda.JRI.Rengine;
import org.rosuda.JRI.REXP;

public class HelloRWorld {
   Rengine rengine; // initialized in constructor or autowired

   public void helloRWorld() {
      rengine.eval(String.format("greeting <- '%s'", "Hello R World"));
      REXP result = rengine.eval("greeting");
      System.out.println("Greeting from R: "+result.asString());
   }
}

这是控制台给我的错误。

Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException
    at org.roulette.games.HelloRWorld.helloRWorld(HelloRWorld.java:10)
    at org.roulette.games.HelloRWorld.main(HelloRWorld.java:17)

据我所知，我已经将外部JRI 2014-10-19 jar正确地附加到了项目中。我已经安装了R 3.1.2和rJava 0.9-6包。

第10行是"rengine.eval(String.format("greeting <- '%s'"，"Hello R World"));“。

第17行是"hello.helloRWorld();“。

如果你知道为什么会抛出这些异常，请让我知道……:)

Answer 1

试试这个: is works：

package stackoverflow;

import org.rosuda.JRI.REXP;
import org.rosuda.JRI.Rengine;
/**
 *
 * @author yschellekens
 */
public class StackOverflow {  

   public static void main(String[] args) throws Exception {
    String[] Rargs = {"--vanilla"};
     Rengine rengine = new Rengine(  Rargs, false, null);
     rengine.eval("greeting <- '%Hello R World'");
      REXP result = rengine.eval("greeting");
      System.out.println("Greeting from R: "+result.asString());
   }
}

请注意，您有几个错误，包括没有包括主类，以及没有创建正确的构造函数。

Answer 2

连接Java和R有两种不同方法。

如果你想使用JRI ，你必须使用JVM参数-Djava.library.path来启动你的程序，指向包含JRI库的文件夹。

例如：

$JAVA_HOME/bin/java  -Djava.library.path=/app/vendor/R/lib/R/library/rJava/jri/ -jar target/myapp.jar

如果您在查找JRI安装目录时遇到问题，请尝试查找JRI SO库：

find / -name "libjri.*"

此外，确保已在您的环境中创建了R_HOME和LD_LIBRARY_PATH：

指向本地R安装的

• R_HOME：(Ej: /Library/Frameworks/R.framework/Resources)
• LD_LIBRARY_PATH：指向R目录和JRI目录(EJ：$LD_LIBRARY_PATH:/app/vendor/R/lib/R/lib:/app/vendor/R/lib/R/bin)

下面是一个示例：

@Test
public void testMeanFunction() {

    // just making sure we have the right version of everything
    if (!Rengine.versionCheck()) {
        System.err.println("** Version mismatch - Java files don't match library version.");
        fail(String.format("Invalid versions. Rengine must have the same version of native library. Rengine version: %d. RNI library version: %d", Rengine.getVersion(), Rengine.rniGetVersion()));
    }

    // Enables debug traces
    Rengine.DEBUG = 1;

    System.out.println("Creating Rengine (with arguments)");
    // 1) we pass the arguments from the command line
    // 2) we won't use the main loop at first, we'll start it later
    // (that's the "false" as second argument)
    // 3) no callback class will be used
    engine = REngine.engineForClass("org.rosuda.REngine.JRI.JRIEngine", new String[] { "--no-save" }, null, false);
    System.out.println("Rengine created...");

    engine.parseAndEval("rVector=c(1,2,3,4,5)");
    REXP result = engine.parseAndEval("meanVal=mean(rVector)");
    // generic vectors are RVector to accomodate names
    assertThat(result.asDouble()).isEqualTo(3.0);
}

另一方面，如果您想要使用 Rserve ，则需要在单独的进程中启动Rserve，然后从您的java进程创建一个RConnection。

例如：

        if(LOGGER.isInfoEnabled()) {
            LOGGER.info("Starting RServe process...");
        }
        ProcessBuilder builder = new ProcessBuilder("/bin/sh", "-c", String.format("echo 'library(Rserve);Rserve(FALSE,args=\"--no-save --slave --RS-conf %s\")'|%s --no-save --slave", rserveConf, rexe));
        builder.inheritIO();
        Process rProcess = builder.start();

        if(LOGGER.isInfoEnabled()) {
            LOGGER.info("Waiting for Rserve to start...");
        }
        int execCodeResult = rProcess.waitFor();

        if(execCodeResult != SUCCESS_CODE) {
            LOGGER.error(String.format("Unexpected error code starting RServe: %d", execCodeResult));
        } else {
            LOGGER.error("RServe started successfully");
        }

        if(LOGGER.isInfoEnabled()) {
            LOGGER.info("Opening connection to RServe daemon....");
        }
        REngine engine = new RConnection();
        if(LOGGER.isInfoEnabled()) {
            LOGGER.info(String.format("Obtaining R server version: %d", ((RConnection)engine).getServerVersion()));
        }
        //Perform some engine.parseAndEval("....");

rserveConf是服务器配置文件的路径，rexe是R可执行文件的完整路径。

例如，在我的MacOS计算机中，我可以启动Rserve执行以下代码行：

/bin/sh -c "echo 'library(Rserve);Rserve(FALSE,args=\"--slave --RS-conf /Users/me/Documents/test/rserve.conf\")'|/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/bin/exec/R --no-save --slave"

此命令输出类似以下内容：

Starting Rserve:
  /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/Rserve/libs//Rserve --slave 

Rserv started in daemon mode.

请确保在启动Rserve时指定"--slave“参数。

如果你想看更多的例子，我在我的github中有一个使用这两种方法的演示项目，JRI和RServe：

https://github.com/jfcorugedo/RJavaServer

Answer 3

您应该使用下面的命令导出LD_LIBRARY_PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64:/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64/default

并从R中执行

install.packages("rJava")

这肯定会使您的REngine在您的java应用程序中成功工作