如何加载Fantom5数据集？CAge分析

Question

有人熟悉笼子分析吗？我正在使用CAGEr包来处理Fantom5数据集。

但是，我无法加载Fantom5数据。我认为原因要么是我没有找到正确的包名称，要么是没有像Fantom3和4这样的包。

对于Fantom3和4，只需简单地使用biocLite

biocLite("FANTOM3and4CAGE")

然后我就能做

library(FANTOM3and4CAGE)

data(FANTOMhumanSamples)

以前有没有人处理过这个数据集？

非常感谢

Answer 1

我给这个包的开发者发了电子邮件，顺便说一句，他真的很好。

这是因为FANTOM5humanSamples和获取FANTOM5数据的功能可从CAGEr package version 1.6.中获得，该软件包将由最新版本R中的Bioconductor版本2.14安装。如果您使用的是稍早一些的R版本，则默认情况下使用Bioconductor版本2.12。并安装旧版本的CAGEr (1.2.9.)