.pbs文件中的朴素并行

Question

是否可以在PBS文件中的for循环中执行并行化？

下面是我的attempt.pbs文件。我想分配4个节点，同时为每个节点分配16个进程。我已经成功地做到了这一点，但现在我有4个作业，我想向每个节点发送一个作业。(我需要这样做，因为排队algo会让我等待几天才能在我正在使用的集群上提交4个单独的作业)

#!/bin/bash
#PBS -q normal
#PBS -l nodes=4:ppn=16:native
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -N HuMiBi000
#PBS -o HuMiBi.000.out
#PBS -e HuMiBi.000.err
#PBS -A csd399
#PBS -m abe
#PBS -V

./job1.sh
./job2.sh
./job3.sh
./job4.sh

这些作业独立运行，不使用相同的数据。我可以从相同的pbs脚本中为每个节点运行1个作业吗？

谢谢。

Answer 1

实现这一点的标准方法是通过消息传递接口(MPI)库。Open MPI是一个可以使用的很好的实现。一些基本的例子可以在这里找到，如果你想了解更多，这是一个OpenMPI的tutorial。