在Awk中操作数据

Question

我是Awk编程的新手。我有一个关于操作文本文件的问题，这是在可视化软件(Circos http://circos.ca)中绘制某些基于网络的图像所必需的。

我有一些输入数据，我希望使用awk/grep/sed来操作这些数据的值。有9对(18行).5对(前10行)用于"from=ABCB11"，4对(接下来的8行)用于"from =ABCC8“。我想要的是从第一对的第一行提取值，并将其替换到其他对的每一行中。因此，第二组的值是9 10，这应该会替换group2中所有出现的值。group-2的下一个值为28 29，应替换为9 10。

停止应该由"from=name“确定，”from=ABCB11“是”.Its“，而不是必须捕获表达式并在下一次出现时替换的行将属于group-2，因为在此instance.It中可能是group-3或group-4，直到group-10。因此，第二个集合("from =ABCC8”)可能属于group-4/5/6而不是group-2。这只是一个巧合。

group-2 9 10 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=ACE,toid=11,use=1,z=1
group-3 0 1 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=ACE,toid=11,use=1,z=1
group-2 28 29 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=CHRM1,toid=114,use=1,z=1
group-5 0 1 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=CHRM1,toid=114,use=1,z=1
group-2 29 30 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=CHRM2,toid=115,use=1,z=1
group-5 1 2 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=CHRM2,toid=115,use=1,z=1
group-2 10 11 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=DRD2,toid=158,use=1,z=1
group-3 1 2 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=DRD2,toid=158,use=1,z=1
group-2 11 12 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=EGF,toid=164,use=1,z=1
group-3 2 3 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=EGF,toid=164,use=1,z=1
group-2 21 22 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ACE,toid=11,use=1,z=1
group-3 12 13 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ACE,toid=11,use=1,z=1
group-2 0 1 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1A,toid=21,use=1,z=1
group-1 0 1 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1A,toid=21,use=1,z=1
group-2 1 2 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1B,toid=22,use=1,z=1
group-1 1 2 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1B,toid=22,use=1,z=1
group-2 2 3 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1D,toid=23,use=1,z=1
group-1 2 3 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1D,toid=23,use=1,z=1

下面是我正在寻找的最终输出：

group-2 9 10 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=ACE,toid=11,use=1,z=1
group-3 0 1 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=ACE,toid=11,use=1,z=1
group-2 9 10 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=CHRM1,toid=114,use=1,z=1
group-5 0 1 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=CHRM1,toid=114,use=1,z=1
group-2 9 10 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=CHRM2,toid=115,use=1,z=1
group-5 1 2 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=CHRM2,toid=115,use=1,z=1
group-2 9 10 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=DRD2,toid=158,use=1,z=1
group-3 1 2 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=DRD2,toid=158,use=1,z=1
group-2 9 10 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=EGF,toid=164,use=1,z=1
group-3 2 3 text color=black,from=ABCB11,fromid=4,order=2,thickness=3,to=EGF,toid=164,use=1,z=1
group-2 21 22 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ACE,toid=11,use=1,z=1
group-3 12 13 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ACE,toid=11,use=1,z=1
group-2 21 22 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1A,toid=21,use=1,z=1
group-1 0 1 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1A,toid=21,use=1,z=1
group-2 21 22 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1B,toid=22,use=1,z=1
group-1 1 2 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1B,toid=22,use=1,z=1
group-2 21 22 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1D,toid=23,use=1,z=1
group-1 2 3 text color=black,from=ABCC8,fromid=5,order=2,thickness=3,to=ADRA1D,toid=23,use=1,z=1

此外，这只是一个样本data.So，许多对都会有group-1、group-4、group-5直到group 10。这里只提到来自较少组的对。

我想遍历这些行，直到"from=name“中的值保持不变，这样我就可以更改每个备用line.Code中的所有匹配项：

awk -F, 'NR%2==1 {split($2,a,"="); print a[2]}' file.txt

上面的代码能够提取交替行和"from=name“中的"name”。

Answer 1

下面的代码非常冗长(我喜欢冗长的变量名)。使用你的样本数据，我得到了你想要的数据。假设每个“不均匀”的行都从第一行获得具有相同"from=xxxx“信息的值。

awk '
  BEGIN {
    namevar=""
    val1var=""
    val2var=""
    linenum=0
  }
  {
    split($0, linearr)
    split(linearr[5], csvarr, ",")
    if (namevar != csvarr[2]) {
      namevar=csvarr[2]
      val1var=linearr[2]
      val2var=linearr[3]
      linenum=0
    }
    linenum+=1
    if (linenum%2==1) {
      print linearr[1], val1var, val2var, linearr[4], linearr[5]
    } else {
      print linearr[1], linearr[2], linearr[3], linearr[4], linearr[5]
    }
  }' file.txt