问获取GC含量和基因长度列表
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Stack Overflow用户

提问于 2014-06-24 02:02:46

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我想从50k+基因中获得一个包含该基因、该基因的GC含量和基因长度的表。

我听说我可以从UCSC基因组浏览器上得到这个，但我不知道如何...非常感谢您的帮助！

发布于 2015-06-18 06:20:34

为此，您可以使用awk脚本。确保每个基因的序列都在row.This中，这样就可以得到每行的GC含量。

awk '{gsub("N","");t=length();gsub(/[GC]/,"");print int((t-length())/t*100)/100}'

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/24372420

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