run bash file in R: path in system()问题

Question

我正在尝试从R内部运行一个bash文件，所以我可以很好地运行以下内容：

setwd(path.expand("~/Documents/Rcode/"))

system("ls -F")
system('~/Documents/Rcode/GFR_test/run.sh')

因此，由于我为run.sh文件提供了完整的路径，所以这完全可以正常工作。但是，当处理很长的代码和许多要运行的bash文件时，这会变得单调乏味。所以我需要为每个sh文件创建一个变量：

myPATH <- "~/Documents/Rcode/GFR_test/"

然后调用run.sh

 system(paste(myPATH, 'run.sh'))

不幸的是，这不起作用，因为我得到了错误：

 sh: 1: ~/Documents/Rcode/GFR_test/ : Permission denied

权限问题很奇怪，因为我知道我做对了。你能帮帮我吗。谢谢

Answer 1

使用paste时，默认分隔符为空格。所以：

paste(myPATH, 'run.sh')

会给出：

~/Documents/Rcode/GFR_test/ run.sh

要抑制额外的空格，您必须在paste()中添加sep=""，或者更好的做法是使用paste0，它有一个默认的空分隔符(而且速度更快)：

paste0(myPATH, 'run.sh')