f2py:如何将2维列表传递给fortran 77

Question

我在向fortran传递二维数组时遇到问题。我想组合一堆不重叠的光谱。首先，我选择x轴上的点，然后将所有数据插值到这个新的公共网格中。我将光谱存储在python中的2D列表中。

这在Python2.7中有效，但速度非常慢：

for i in range(len(wlp)):
  print wlp[i],
  for a in range(len(datax)):
    inrange = 0
    if datax[a][0] >= wlp[i] or datax[a][-1] <= wlp[i]:
      for b in range(len(datax[a])-1):
        if float(datax[a][b]) <= wlp[i] and float(datax[a][b+1]) >= wlp[i]:
          sp = float(datax[a][b]); ep = float(datax[a][b+1])
          delx = ep-sp; dely = float(data[a][b+1])-float(data[a][b])
          ji =  (dely/delx)*(wlp[i]-sp)+float(data[a][b])
          inrange = 1
    if inrange == 0: ji = '?0'
    else: ji = ji * weights[a]
    print ji,
  print

在第一列中打印公共x网格，并且在随后的列中打印所有内插谱。如果有一些较短的超出范围，它会打印"?0“。这有助于稍后为每个数据点设置适当的权重。

我最终使用了这个Fortran子例程来使用f2py来加速：

c wlp = x axis points (wavelength)
c lenwlp = length of list wlp, len(wlp)
c datay = 2D python list with flux
c datax = 2D python list with wavelength
c lendatax = number of spectra, len(datax)
c datax_pl = list of the lengths of all spectra
c weights = list of optional weights
c maxi = length of the longest spectrum   

C============================================================================80
       SUBROUTINE DOIT(wlp,lenwlp,datay,datax,lendatax,datax_pl,
     .                 weights,maxi)
C============================================================================80
       INTEGER  I,a,b,lenwlp,inrange,datax_pl(*),maxi,lendatax
       DOUBLE PRECISION WLP(*),SP,EP,DELY,DELX,ji
       DOUBLE PRECISION WEIGHTS(*)
       DOUBLE PRECISION DATAY(lendatax,maxi)
       DOUBLE PRECISION DATAX(lendatax,maxi)   

 2     FORMAT (E20.12,  1X, $)
 3     FORMAT (A, $)
 4     FORMAT (1X)
       I = 1
       DO WHILE (I.LE.lenwlp)
         WRITE(*,2) WLP(I)
         DO a=1,lendatax
           inrange = 0
           ji = 0.0
           IF (datax(a,1).ge.WLP(I) .or.
     .         datax(a,datax_pl(a)).le.WLP(I)) THEN
             DO b=1,datax_pl(a)-1
               IF (DATAX(a,b).LE.WLP(I) .and.
     .           DATAX(a,b+1).GE.WLP(I)) THEN
                   SP = DATAX(a,b); EP = DATAX(a,b+1)
                   DELX = EP - SP; DELY = datay(a,b+1)-datay(a,b)
                   if (delx.eq.0.0) then
                     ji = datay(a,b)
                   else
                     ji = (DELY/DELX)*(WLP(I)-SP)+datay(a,b)
                   end if
                   inrange = 1
               END IF
             END DO
           END IF
           IF (inrange.eq.0) THEN
             WRITE(*,3) ' ?0'
           ELSE
             WRITE(*,2) ji*WEIGHTS(a)
           END IF
         END DO
         I = I + 1
         write(*,4)
       END DO
       END

它是用gfortran 4.8 fine编译的。然后我在Python代码中导入它，设置列表并运行子例程：

import subroutines
wlp = [...]
data = [[...],[...],[...]]
datax = [[...],[...],[...]]
datax_pl = [...]
weights = [...]
maxi = max(datax_pl)

subroutines.doit(wlp,len(wlp),data,datax,len(datax),datax_pl,weights,maxi)

然后返回：

ValueError: setting an array element with a sequence.

我传递了列表和最长谱的长度(maxi)，这应该定义fortran中的最大维度(?)。我不需要返回值，所有内容都打印在stdout上。

问题必须出现在数组声明的开头。我没有这方面的经验...任何建议都是值得感谢的。

Answer 1

正如我在注释中所说的，您不能将Python列表传递给f2py过程。必须使用与numpy或C数组兼容的Fortran数组。

您显示的错误消息来自此问题。

您可以从列表http://docs.scipy.org/doc/numpy/user/basics.creation.html创建数组