边缘介数图

Question

我正在尝试使用来自R的边缘中间社区结构检测方法，使用igraph包。我想在我想要的地方“剪切”聚类树。我该怎么做呢？这有可能吗？我不明白指南中的默认值在哪里“切割”了聚类树。有人能给我更多的细节吗？

Answer 1

您可以使用cutat()函数剪切来自分层社区检测方法的树状图。函数membership()也会裁剪树，但它只能在最大模块度值处对其进行裁剪：

g <- nexus.get("karate")
ebc <- edge.betweenness.community(g)
membership(ebc)
#    Mr Hi  Actor 2  Actor 3  Actor 4  Actor 5  Actor 6  Actor 7  Actor 8 
#        1        1        2        1        3        3        3        1 
#  Actor 9 Actor 10 Actor 11 Actor 12 Actor 13 Actor 14 Actor 15 Actor 16 
#        4        2        3        1        1        2        4        4 
# Actor 17 Actor 18 Actor 19 Actor 20 Actor 21 Actor 22 Actor 23 Actor 24 
#        3        1        4        1        4        1        4        5 
# Actor 25 Actor 26 Actor 27 Actor 28 Actor 29 Actor 30 Actor 31 Actor 32 
#        5        5        6        5        2        6        4        4 
# Actor 33   John A 
#        4        4 

使用cutat()，您可以将其剪切以获得一定数量的社区，例如，本例中为3：

cutat(ebc, no = 3)
# [1] 2 2 1 2 2 2 2 2 1 1 2 2 2 1 1 1 2 2 1 2 1 2 1 3 3 3 1 3 1 1 1 1 1 1

也可以指定要执行的合并步骤的数量。这里我们执行15次合并：

cutat(ebc, steps = 15)
#  [1]  3  3  2  3  4  5  5  3  1  9  4 10 11  2 12 13  5 14 15 16 17 18 19  6  7
# [26]  6  8  7  2  8  1  1  1  1

不幸的是，cutat()没有为结果指定名称。