grep -匹配单词，后面没有任何内容

Question

我有一个以下格式的文件(数千行和制表符分隔)：

Gnl3l   3'UTR    
Smap1   5'UTR||3'UTR    
D4Wsu53e    CDS||5'UTR||3'UTR    
Mecp2   3'UTR    
Mecp2   3'UTR

我想从第二个选项卡中返回只包含"3'UTR"的所有行。所需输出：

Gnl3l   3'UTR    
Mecp2   3'UTR    
Mecp2   3'UTR

你对grep/regex有什么想法吗？

Answer 1

这里最好使用awk，因为使用awk可以轻松地匹配特定字段，而无需使用复杂的正则表达式：

awk -v s="3'UTR" '$2==s' file
Gnl3l   3'UTR
Mecp2   3'UTR
Mecp2   3'UTR

不过，下面是一个也可以工作的grep命令，但我更喜欢awk：

grep "\t3'UTR" file
Gnl3l   3'UTR
Mecp2   3'UTR
Mecp2   3'UTR

Answer 2

如果您想在这里使用正则表达式，请使用如下代码：

grep "(.*)\t3'UTR$"

这个正则表达式表示可以在开头((.*))处放置任何内容，后跟一个制表符(\t -您也可以使用所有空格\s)和3'UTR。之后，该行必须结束($)。

注意，不需要(.*)，但是如果您想在grep之外使用正则表达式，您可以找到需要它的环境。

Answer 3

使用grep

grep -E "^\S+\s+3'UTR$" file

或

grep "^[^\t]\+\t\+3'UTR$" file

输出：

Gnl3l   3'UTR
Mecp2   3'UTR
Mecp2   3'UTR